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Las vacunas m RNA. Estructura .
miércoles, 20 de enero de 2021
La llave: proteasas de corte de furina. ¿Diseñando antivirales de "amplio espectro"?
martes, 5 de enero de 2021
La variante sudafricana , 501 V2. detectada Diciembre 18, versus la variante británica B 1.1.7, detectada en Septiembre.
martes, 24 de noviembre de 2020
Inmunología: los robustos linfocitos T serán la solución.
Se habla todos los días de la vacuna o vacunas, sale el ministro funerario filósofo de campanario híbrido de funcionario de pompas fúnebres y monja alférez, se ponen a mentirnos en nuestra cara, sin tapujo ni vergüenza alguna. Sin cortarse u pelo, con la misma cara de los que se afeitan todos los días con cemento armado.
Y es un error basarlo todo en las vacunas.
Parafraseando a Jakob Spengler:
" al final será un pelotón de soldados quien salve a la civilización".
Pues si: al final serán un puñado de linfocitos T robustos naïve como factor predictivo de la respuesta inmune frente al SARS-CoV-2 y sus potenciales vacunas.
La capacidad de respuesta inmune eficaz frente a un nuevo patógeno va a depender de manera primordial de la capacidad de renonocimiento específica por parte de los linfocitos T native. La reducción de estas células como consecuencia del envejecimiento fisiológico o secundario a patología podría ser el responsable del inadecuado control de la infección frente al SARS-COV-2. En pacientes con determinado componente genético o fisiopatogénico se puede producir, quizás como mecanismo compensatorio, la respuesta inflamatoria exagerada y descontrolada que unida a otros factores de riesto conduce a un fatal desenlace. Definir el perfil linfocitario que caracteriza a los pacientes con distintos grados de afectación por SARS-CoV-2, permitirá predecir aquellos con mayor riesgo de complicaciones o que podrían no beneficiarse de la vacunación una vez que esta esté disponible.
domingo, 1 de noviembre de 2020
Bloqueando la union del SARS-CoV 2 al receptor ACE/2 humano con ácido linoleico.
Las técnicas de VR indican - dicho sea con mucha cautela- que existe una región hidrofóbica en la estructura de la proteína S del SARS-CoV-2 a la que se une el ácido linoleico, que actuaría bloqueando la entrada del Virus que causa la COVID19.
Esta región hidrofóbica estaría constituida por dos resíduos de dos aminoácidos que forman parte de los 1374 aminoácidos que forman la proteína S, en concreto se trataria de fenil alanuina 374, tirosina 369 . lisina 417 y valina , mientras que la cabeza hidrófila del citado ácido ( que es un omega 6), establecería una sólida unión de puentes de hidrógeno con la cabeza hidrofílica del acido linoleico y los aminoácidos glutamina 409 y arginina 408 ( en el vídeo del científico tinerfeño que trabaja en la compañía tecnológica Nanome en Nueva York, aparece en el minuto 2:24.
Ver vídeo de Daniel Griffat.y otro vídeo explicativo de la unión del SARS-CoV-2 a las células epiteliales. Ojo:no endoteliales.
¿Se imaginan hacer enjuagues bucales con aceite de girasol ( que contiene un 62 %) de acido linoleico) e impedir la unión del virus al receptor ACE/2 h?.
¿ curar la enfermedad haciendo gárgaras con aceite de girasol? No caerá esa breva, como dicen en la Huerta de Murcia.
La estructura primaria de S1 y en ella emplazo el RBD – «Receptor Binding Domain» o dominio de unión al receptor- entre los aminoácidos 318 y 510, y, dentro de éste, a la región donde están los seis aminoácidos críticos para la fijación a ACE2, o RBM -«Receptor Binding Motif» o motivo de unión al receptor- entre los aminoácidos 424 y 494. Es decir, el RBD es más amplio y comprende al RBM y a otro sitio interesante con posible afinidad por integrinas a través de una secuencia RGD.
«Receptor Binding Domain» RBG o dominio de unión al receptor- está entre los aminoácidos 318 y 510, y, dentro de éste, a la región donde están los seis aminoácidos críticos para la fijación a ACE2, o RBM -«Receptor Binding Motif» ( lo tienen en ROJO)
o motivo de unión al receptor- entre los aminoácidos 424 y 494.
Las integrinas son glicoproteínas heterodiméricas presentes en las membranas celulares y que cumplen multitud de funciones que no puedo explicar aquí. En el caso de los agentes infecciosos, y en nuestro caso, los virus, las integrinas pueden funcionar como receptores celulares a los que dichos virus pueden fijarse. Pero las integrinas no se unen a un motivo cualesquiera, sino que reconocen pequeños péptidos a los que acoplarse. El más famoso y mejor estudiado, con diferencia, es el tripéptido RGD, donde R es la arginina, G la glicina y D el aspártico, siguiendo la nomenclatura de una letra para cada aminoácido que desarrollara hace muchos años la doctora Margaret Oakley Dayhoff . Esa mínima secuencia de tres aminoácidos, descubierta por Erkki Ruoslahti en los años noventa, es capaz de fijarse a prácticamente cualquier integrina. Como este coronavirus tiene una secuencia RGD en su RBD, se presume que será capaz de fijarse a integrinas presentes en las células del epitelio nasofaríngeo y respiratorio. Las integrinas actúan como receptores de tracción mediante un mecanismo que incorpora al virus al interior de endosomas celulares como paso previo a la liberación de su RNA en el citoplasma tras el mecanismo de clivage y fusión. Si quieres más información sobre RGD e integrinas echa un vistazo al artículo clásico de Ruoslahti «RGD and other recognition sequences for integrins» que aparece en «Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1996, 12: 697–715». Saludos.
jueves, 22 de octubre de 2020
Si, se transmite TAMBIEN por aerosoles.
Identifying airborne transmission as the dominant route for the spread of COVID-19
La mutación D614G en el SARS-CoV-2.
Mutaciones hay muchas, en cada huésped se producen miles; lo que cuentan son las cepas, aquellas mutaciones que se propagan con igual o mayor éxito que la precedente.
Curioso que en el análisis genómico de 513 virus de la COVID 19 en 33 países, en los cinco continentes , pues que apenas haya habido mutaciones, pese a ser un virus RNA monocatenario que son los que tienen un proof reading bastante propenso a cometer errores y son los virus que mas mutan.
Básicamente un virus RNA está utando
continuamente “para sobrevivir”. Es su estigma y su marca de vida:
obligado a mutar. Su frecuencia de errores es de 10 elevado a 4, muy alejada de los virus DNA que mutan muchísimo menos, con una frecuencia de 10 a 7.
Pues éste SARS-CoV-2 no ha mutado casi nada, sólo 111 mutaciones de
aminoácidos no sinónimas (recuerden que el código genético es redundante
y las mutaciones ocurren en los nucleótidos, luego hay muchas más
mutaciones de nucleótidos). Ninguna de estas mutaciones de aminoácidos
tiene relevancia clínica . ¿Ninguna? Lo digo con respeto y seré muy cauto. En otras palabras: EL VIRUS SIGUE CON LA
MISMA VIRULENCIA en casi todo el planeta. Eso huele muy mal, porque si
es una mutacion, pues o aumenta, o disminutye, pero cambia
exponecialmente segun se divide. Si no muta, a lo mejor es que está muy
bien “diseñado”. O no. En realifad todo esto es unamera hipótesis mia, sin ningúna base clínica.
Podríamos divagar acerca de lo sencillo que es insertar la spike protein de un pangolín en un RNA de murciélago. Pero esta bitácora en principio está contra las teorias conspiranoicas. Nein Verschwörungtheorie").
Exploramos en el video en VR la mutación ( ojo, no cepa, hablar de cepas significaría hablar de CAMBIOS EN LA FUNCIONALIDAD del virus).
Es la llamada D614G mutation en la espiga del SARS-CoV-2 , ese cambio de ácido aspartico por gicina, esa simple mutación al parecer favorecería la transmisibilidad del citado virus.
Fuente: 👇
“Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2” - (Pre-print) Korber et al (2020).
Podríamos elaborar atrevidas hipótesis acerca de que el 96 % del virus de la científica ( bat woman ó Shu Li) , genoma secuenciado en 2013 , que curioso, en el mismo Instituto de Virología de Wuhan.
Podríamos hablar de que nunca se ha presentado al “paciente cero” ( a lo mejor, por que no lo hay).
Curioso que en el análisis genómico de 513 virus en 33 países, en los cinco continentes , pues reseñar que apenas haya habido mutaciones, pese a ser un virus RNA monocatenario que son los que tienen un proof reading deficiente y son de los que mas mutan. Básicamente un virus RNA está condenado a estar CONTINUAMENTE mutando continuamente “para sobrevivir”. .
Pues éste no ha mutado casi nada, sólo 111 mutaciones de aminoácidos no sinónimas (recuerden que el código genético es redundante y las mutaciones ocurren en los nucleótidos, luego hay muchas más mutaciones de nucleótidos). Ninguna de estas mutaciones de aminoácidos tiene relevancia clínica . En otras palabras: EL VIRUS SIGUE CON LA MISMA VIRULENCIA en casi todo el planeta. Aunque se haya descrito una mutación 614 en la cual se sustituye Eso huele muy mal, porque si es una mutacion, pues o aumenta, o disminutye, pero cambia exponecialmente segun se divide. Si no muta, a lo ejor es que está muy bien “diseñado”.
Ojo con cometer el error de hablar de "cepas". Crpa implica cambio de FUNCIONALIDAD.
En la fig. 1 se ven las partículas virales infectando una célula epitelial de pulmon.
Sin embargo, ambas cepas solo se diferenciarían en dos SNPs (acrónimo ingles de polimorfismos de un solo nucleótido). En concreto, un SNP sinónimo en la posición 8782 del ARN, en el gen orf1ab, el cambio de una timina por una citosina en la posición 8517 de dicho gen (T8517C), que cambia el codón AGT de una serina por AGC también de una serina; y otro SNP no sinónimo en la posición 28144 del ARN, en el gen ORF8, el cambio de una citosina por una timina en la posición 251 de dicho gen (C251T), que cambia el codón de una serina por el de una leucina en la posición 84 (S84L).
Paramos de liar el tema. Jergafasia complicada y molesta.
La teoría evolutiva, o sea, que todo esto es sólo una mutación, un honrado paciente cero que se comió una sopa de murciélago, predice que el coronavirus SARS-CoV-2 está sometido a mutaciones continuas que producen una deriva genética que acabará conduciendo a su separación en diferentes cepas en el futuro. Lo habitual es que las cepas que mejor se adapten al hombre (es decir, las que tengan una letalidad reducida y produzcan síntomas más leves) sean las que se acaben propagando con mayor facilidad. A la COVID19 le «interesa» sobrevivir el máximo tiempo posible entre los humanos y que no le pase lo que pasó con el SARS-CoV (cuya epidemia fue de sólo seis meses y se cortó tan misteriosamente como había venido y desapareció de la circulación entre los humanos y camellos. Erá más letal, un diez-quince por ciento de mortalidad, y mataba más rápido, pero se extinguió antes.
Podríamos si, hablar de la teoría de la conspiración, tema recurrente y fácil de incendiar las redes.. ¿Para que? ¿para que me expedienten? ¿para meterme en líos? ¿sin ninguna prueba? ¿ Acaso no tenemos un CNI mejor informado que nosotros? Hoy por hoy las teorìas son, eso, teorías.
El que quiera buscar, que busque, porque dentro de unos meses/ años, a lo mejor se sabrá la verdad. Mutación inter especies versus arma biológica.
España ya está en los mapas de Nextstrain de los movimientos del coronavirus, y no —desde luego— porque el virus estuviera antes aquí, sino porque aún no había ninguna secuencia de pacientes españoles. Las primeras las ha incorporado el grupo de Fernando González, del Servicio de Secuenciación y Bioinformática y el grupo de investigación en Epidemiología Molecular de FISABIO, en Valencia.
En el siguiente video pueden ver en realidad virual como aparece la mutación descrita en Febrero en la cual cambia un sutil puente de hidrógeno ( la estructura que está en puntos suspensivos) al sustituirse un aminoácido de la estructura del RBD del virus. Cambia la conformación alostérica y esto hace que el dominio RBD sufra un cambio que, al parecer, aumenta la infectividad ( transmisibilidad) del virus.
Arriba tienen la mutacion D614 , que al parecer hcer que haya una trasmisibilidad mayor por parte de la COVID19, cosa que no está aceptada por todos los virólogos, ni mucho menos. Hay otra mutación en la valina 387, pero no está ni mucho menos claro que sea relevante. Ver foto abajo.
Personalmente escribí a Alan Dove, y éste Ph.D. en Virología me confiño que la mutación NO era nada relevante, para él.
A día de hoy no está clínicamente comprobado la mayor infectabilidad por dicha mutación.
martes, 20 de octubre de 2020
"Segando la espiga".
El enemigo ya está identificado, mide 120 nm y tiene 30.000 pares de bases, y tiene como característica especial esas espículas ( espigas) que están formadas por 1274 aminoácidos.
La fotografia de arriba es la union de la spike protein del SARS-CoV2 con el receptor de la ACE humana/2 ( Angiotensin Converting Enzym 2).
Nos vamos a encontrar dichos receptores en diversos órganos: pulmon ( por eso produce la COVID neumonias bilaterales), corazón ( por eso produce miocarditis), riñon ( por eso produce fallos renales), , tubo digestivo (por eso produce o puede producir diarreas), y receptores sofisticados en las venas y arterias (por eso puede producir embolismos, coagulopatías).
La proteína S, con sus 1274 aminoácidos y esa "cazoleta" de uniñon de unos 50x 60 Astrong , formando esa "sagrada avidad " centrada en el eje del trímero que tiene ~65 Å de profundidad. Samems que los aminoacidos 980-990 quedarían "dentro" de la zona de heptámeros repetidos 1 (HR1) en la parte superior de S2.
Esto es más complicado porque la tñecnica que se utiliza para detrminar estas estructuras con una resolucin de 3 Amstrong no permiten ver bien esa región HR1 por sus estructura helicoidal, pero si que creemos que donde se establece esa unión con el receptor ACE/2 de la especie humana podría ser el nudo gordiano resolutivo para diseñar un fármaco capaz de interferir en el proceso de fijacion o anclaje del virus a los receptores de las células epiteliales del pulmon. Podría ser la solución si alguna de las vacunas basadas en m RNA para generar anticuerpos contra esos 1274 aminoácidos que forman esa spike proteín. Podria...podria...podría...demasiados tiempos condicionales.
El enemigo ya está identificado, mide 120 nm y tiene 30.000 pares de bases, y tiene como característica especial esas esoículas que están formadas por 1274 aminoácidos.
Sabenos que en realidad esa S proteín o proteina espicular es la " marca" mas relevante del virus. Sabemos que es un trímero, que está en una posición "up" y dos posiciones "down".
Aquí tenemos a la proteína S en acción. Dentro video:
Se utilizan los modelos "in silicio" para estudiar el diseño de nuevos fármacos. Igualmente la VR nos permite visualizar los mecanismos de accion de algunos de ellos. Por ejemplo el Remdesavir cuando inhibe la polimerasa del SARS-CoV-2.
Sería un proceso complicado que ocurre en el 2 % de los complejos estudiados), la unión de una espícula a tres receptores ACE2 en la membrana celular.O , mejor expresado, a que el virus pudiera tener una " mayor posibilidad" de unirse ya que puede unirse a tres receptores diferentes al ser trímerico. Volveremos luego a ello cuando veamos las afinidades de las diferentes "espígas" de diferentes especies ( en la figura de abajo, la de murciélago de herradura, la de pangolín y las del SARS-CoV-2).
"La comparación entre el trímero abierto y el complejo con una ACE2 unida al trímero muestra que la unión rota el RBD de la S1 abierta alejando su centro de masas ~5.5 Å respecto al eje del trímero y al mismo tiempo aleja los tres NTD de las S2 del trímero ~1.5–3.0 Å; la unión a una o dos ACE2 adicionales no introduce cambios significativos en la conformación de la primera unión. Estos cambios de conformación estabilizan la unión de ACE2 en el complejo". / Fuente " La Ciencia de la Mula Francis".
Los resultados apuntan a que la probabilidad de fusión entre
membranas está favorecida por el número de receptores ACE2 unidos a la
proteína espicular. Así la infección sería más probable en células que
expresen un gran número de receptores ACE2 ( mas en hombres que en mujeres, ausencia en niños d emenos de 8 años, donde no hayreceptores ACE/2. Deberemos
ser cautos porque éste supuesto aumento de infecciosidad no está
demostrado que realmente se manifieste de forma clínica. Como dicen David baltimore y Vincet Racaniello, " el desarrollo de la infeccion no
implica necesariamente la manifestacion de la enfermedad".
Cooperacion internacional para diseño de moléculas inhibidoras de la proteasa del SARS-CoV2.
La proteasa del SARS-CoV-2 es una de las diferentes dianas ( targets) para el diseño de nuevas moléculas que puedan servir para encontrar un antiviral que nos permita una solución farmacológica ( el concepto de "bala mágica") de Ehrlich, para detener esta pandemia que, a dia de hoy ha matado a 1.121.000 personas e infectado a mas de 40 millones de personas. Y decimos ésto sabiendo que las estadísticas quedarán completamente fuera de contexto en pocos dias.
Para ello se han iniciado unos muy interesantes priyectos de Crowndfunding que consiste en el screening de nuevas sustancias inhibidoras, como el proyecto Covid Moonshot, que es un ambicioso proyecto en open acces y sin requisitos de registro de propiedad intelectual. En otras palabras, es una deliberada cooperacion internacional en la que cada investigador remite moléculas diseñadas por cada respectivo laboratorio para combatir esta pandemia, luego se procesan dichos fármacos en un suerordenador Folder@ , ( enlace para ver las moléculas candidatas).
Una de las sundivisiones de éste proyecto Moonshot es el DiamondMX/XChem, hay estructuras tipo "beamline" o de exacta interacción de de como las determinadas moléculas se unen a los sitios activos para poder bloquear el ciclo reproductivo del virus.
Se usa el supercomputador Folding@home para calcular el alchemical free energy calculations que ayudaría a los químicos farmacéuticos a elegir adecuadamente la moleculaque mas se adecue e los parámetros químico farmacéuticos.
Otra herramienta es la Open Force Field Initiative y los conceptos de Gavin Crooks en su Tesis Doctoral ( n0 es como la del psicópata del barrio de tetuán) PhD thesis , del año 1999 que se concretan en el prigrama state-of-the-art techniques for structure-based drug design.
Sobre estas moléculas se ha estudiado el grado de inhibición de la M Pro y luego se remiten estos fármacos y profármacos para las pruebas clíni as que se estimen oportunas. Lo novedoso del proyecto es que los fármacos enviados y los datos experimentales pueden ser consultados por cualquier investigador para inspirar nuevas ideas de diseño.
Enlace de las moléculas remitidas al proyecto
martes, 22 de septiembre de 2020
Orwell y la policia del pensamiento. Ciencia, Pseudociencia y sus controladores.
If liberty means anything at all, it means the right to tell people what they do not want to hear.
Vivimos una extraña epidemia. Y no me refiero al virus, sino a la falta de ética y Libertad.
Me ha llegado ése informe. Léanlo.
Los virólogos que saben dicen que está lleno de fakes, de irregularidades y de errores. Que no es fiable.
Lo leeré atentamente y en 16 días daré mi opinión, que nadie ha pedido.
A lo que voy es que cuando lo he posteado en Fesibuk, ha faltado tiempo para que salten todas las alarmas y lleguen mensajes de los " verificadores de opinion", esos autoproclamados censores que nos dicen que debemos de creer o no.
Al final la decision será mia. LA VERDAD OS HARA LIBRES.
lunes, 25 de mayo de 2020
COVID19. Guerra biológica o mutación intraespecies.
Por el Dr. Juan
Carlos López Corbalán
INTRODUCION
PERSONAJES.
II.MATERIAL Y MÉTODOS:
III.RESULTADOS
El viejo profesor, 87 años, se disculpa y dice que “en todo caso, seguro que ha sido un error involuntario chino mientras trataban de crear una vacuna contra el HIV usando como soporte un virus corona de murciélago”; insertando por metodología CRISPR-Cas9 glucoproteínas gp41 y 120 del HIV.
a virus muy malignos, COMO EL sida. Solo hay cinco familias con ésa estrategia.
El resto están en https//citas.biblio/derrm.co





































