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Los Trece de la Fama.

Esta es la segunda parte del Blog " Paracelso tenía razón" http://drlopezcorbalan.blogspot.com/ Como decía  Fray Luis de León...

lunes, 21 de diciembre de 2020

No la llamen CEPA, es una VARIANTE.





Figura 1:Las nueve mutaciones DE LA MAL LLAMADA "CEPA" están en rojo.


 La famosa " cepa  británica", en realidad una VARIANTE.
Hace dos meses apareció una  variante que se denominó D614G, supuestamente mas infetica del virus pandémico . En realidad el hype media que ha aparecido  estuvo completamente injustificado, pues no se ha confirmado que esa varianate fuese mas letal.

Malo cuando son los medios de comunicación quienes dan las noticias científicas y  la pandemia la combaten con criterios  políticos en vez de criterios científicos.

Esta vez el famoso locutor vendemotos de Manesia 3, Matías Cañete, apaga  la tele y vete, dió la noticia de "esa cepa británica tan peligrosa". FALSO.

 En realidad , no es una cepa , sino una  VARIANTE.  llamada de forma provisional como VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01).


PROSOJI: El concepto "cepa" implica cambios en la funcionalidad del virus. 

En la  VUI202012/01  hay   nueve mutaciones en la espícula, entre las que destacan N501Y en el RBD  ó  dominio de unión al receptor, y P681H justo al lado del sitio de escisión por la furina.

Las "furin cleavage site" están  fuertemente relaccionadas con la respuesta inmune innata.
Furins are ancestrally involved in the innate immune response. For instance, a preprint on a furin-cleaved polypeptide of fruit flies that encodes antifungals produced upon infection: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394148v2 Furin cleavage is best known to act at RXRR or RXKR polybasic sites. The Sars-CoV2 site is RRAR, whereas MERS-CoV has RXVR if I recall correctly... so there are certainly alternate motifs that are likely cleaved, but these are less understood. Good review by Braun and Sauter (2019) on the whole furin-like family of humans and their cleavage: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6682551/ Furins act probably at the cell membrane or perhaps during trafficking to the cell membrane, and also perhaps at the golgi. Actually kind of unclear, and maybe all three are true. There are a number of cell entry dynamics driven by furin enzymes, including Sars2, HPV, and even anthrax toxin (ref below) gets cleaved by furin upon cell entry. I think we're at the point to know "yes, this is important." But I don't think we're at a point where we can look at a furin site (and surrounding residues) and predict much. I know it was mentioned on TWIV way back that the Proline residue ahead of the furin site is known to interfere with enzyme cleavage efficiency; I think it sticks out in a way that gets in the way of the enzyme a bit. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6347675/


Otras mutaciones que presenta son A570D, D614G, P681H, T716I, S982A y las deleciones H69–V70 e Y144. 

La histeria de los medios diciendo que " puede ser que las vacunas se vean afectadas" no está justificada.Personalmente creo que  no van a tener  efectos significativos. 

La variante británica VUI 202012/01 (también llamada B.1.1.7) presenta 29 sustituciones de nucleótidos y 14 sustituciones de aminoácidos en la proteína espicular respecto al genoma de referencia del SARS-CoV-2 (el secuanciado el 10 de Enero del 2020) .

 La espícula de este coronavirus está mutando a un ritmo de dos mutaciones al mes; así, se espera que las nuevas variantes presenten unas 22 sustituciones de nucleótidos en lugar de 29; no se sabe por qué la nueva variante VUI 202012/01 presenta más mutaciones de las esperadas . La  deleción H69–V70 ya se observó en granjas de mustélidos en Dinamarca  ; en visones también se identificó la mutación N501T (pero no la N501Y).

La mutación N501Y se detectó en  Sudáfrica, y también presenta la mutación D614G, pero que no tiene nada que ver con la variante británica (el resto de sus mutaciones son diferentes, de hecho pertenece al clado 20C ).

Todos los genomas del SARS-CoV2 se actualizan en nextstrain.com.




     Ignacio López-Goñi, «La nueva variante “inglesa” de SARS-CoV-2», MicroBIOblog, 21 dic 2020
    Jacqui Wise, «Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK,» the BMJ 371: m4857 (16 Dec 2020), doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m4857

Steven Kemp, William Harvey, …, Ravindra K Gupta, «Recurrent emergence and transmission of a SARS-CoV-2 Spike deletion ΔH69/V70,» bioRxiv preprint 422555 (21 Dec 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.14.422555

      Kui K Chan, Timothy JC Tan, …, Erik Procko, «An engineered decoy receptor for SARS-CoV-2 broadly binds protein S sequence variants,» bioRxiv preprint 344622 (21 Dec 2020),


martes, 15 de diciembre de 2020

Audaces invicta iuvat: MK 4482. O como Pfizer y Moderna se echan a temblar.

 




En Georgia, USA ( no Georgia, Tbilisi, )  un grupo de científicos ( Richard Plemper, profesor distinguido,  Robert Cox, becario y Josef Wolf)  han descubierto una molécula el Moldunipavir, también conocido como MK 4482/ EIDD-2801, que en sólo 24 horas se suprime  al SARS Co V2 en un modelo animal : los hurones.

 Es una pro droga, ya que se  biometaboliza en el hígado y se "camufla"  de forma que engaña al sistema de defensa  del virus y luego , tras transformarse en la 3 hidroxi citidina, tras su paso por  el citocroma hepático bloquea la transcripcion del virus.

Es sencillo, es barato, se da por vía oral y puede hacer cambiar el panorama en el tratamiento de la COVID 19.

Mi opinión es que Pfizer y Moderna no dejarán que se fabrique en grandes  cantidades para que no les estropee el negocio de las vacunas m RNA.

 Al tiempo.


Aquí tienen el artículo completo.


MK 4482.


hurones "salvando"a humanos


El MK-4482 es un análogo de nucleósido N-hidroxi-citidina que se ha demostrado como eficaz para evitar la transmisión de la gripe. Es un compuesto que puede administrarse por vía oral y que actualmente se encuentra en ensayos clínicos fase II/III en COVID-19. Los autores han investigado su efecto sobre la transmisión de este virus en hurones. Estos animales tienen la particularidad de que pueden ser infectados por el COVID-19 y portan una gran carga viral en el epitelio y las mucosas nasales, y desde allí infectar a muchos otros animales, pero la enfermedad que desarrollan es muy benigna.

Los autores han seleccionado unos grupos de hurones a los que inoculan el virus SARS-CoV-2 en la nariz a dos concentraciones distintas. Los hurones fuente desarrollan la enfermedad y son capaces de trasmitirla a otros hurones llamados contacto con los que conviven. Los hurones infectados con dosis bajas, 10-5, no desarrollan la enfermedad pero los tratados con dosis alta, 10-4, sí.

El tratamiento de los hurones fuente con MK-4482 reduce la carga viral de SARS-CoV-2 en el tracto respiratorio superior de estos animales, y suprime por completo la transmisión a animales contacto no tratados alojados en las mismas jaulas que los hurones fuente a partir de las 30 horas postinfección. El MK-4482 se administra por vía endogástrica en dosis de 5 mg/día cada 12 horas.

lunes, 7 de diciembre de 2020

Uso recreacional de la Ketamina . Special K.

 

Detección de Ketamina e Isómeros de Ketamina como  drogas recreacionales.

En el presente caso nos encontramos con la detección de Ketamina e Isómero de Ketamina en una muestra procedente de un decomiso en la ciudad de Valencia. La intervención de la sustancia fue realizada por las Fuerzas de seguridad y motivó acciones disciplinarias.  Al pasarlo por el gas/ masa, nos aparecen dos picos claramente diferenciados, uno a   7,84   para la Ketamina y otro pico a   7. 27 para su isómero. (Fig. 2).


 











La Ketamina, una ariliciclohexilamina  antagonizadora de los receptores NMDA ,  para  aminoácidos excitadores tipo ácido glutámico, aparece en el espectro a los  7,87 , cortada con  Cafeína ( base xántica  trimetilada amplifica el supuesto efecto euforizante) y el isómero aparece a los 7,22.

 

 Es un fármaco de los llamados “anestésicos disociativos”. Técnicamente la Ketamina es definida como un anestésico disociativo, término acuñado por Domino en 1965 (1) , ya que produce una  disrupción funcional  (2)  según indica el EEG, se produce una depresión del sistema talomocortical (supresión o alteración de la información auditiva y somatosensorial) junto a una activación del llamado sistema límbico (nucleus accumbens), lo que motiva una narcolepsia o inconsciencia en el que la persona no termina de estar  dormida, sino tan sólo desconectada  somáticamente .

Hay descritos usos muy recientes en Psiquiatría como anti depresivo, lo que escapa a las finalidades de éste trabajo   el valorar dichos estudios s, pues son específicos del psiquiatra con experiencia.  La Ketamina se ha empleado en:

1)     Uso terapéutico en Anestesia y reanimación, porque   va muy bien para determinados casos de intubación difícil por causar poca des granulación de mastocitos.

2)     Vía aérea difícil.

3)     Útil en circunstancias que hacen difícil la intubación reglada en quirófano.

4)     En períodos de guerra. En intubaciones de emergencia en playas, medio rural, medicina castrense.

5)     Uso en Veterinaria para la sedación de grandes mamíferos (búfalos, elefantes, tigres)

6)     En pacientes con riesgo de depresión de las funciones vitales (niños y ancianos).

7)     En los que han de someterse a procedimientos repetidos: tratamiento de quemaduras y cirugía plástica y reconstructiva

8)      Uso recreacional.

 

Nos centramos en el punto 7.  Es una sustancia sometida a fiscalización, tanto la Ketamina como sus isómeros. ES una arilciclohexilamnia y está emparentada farmacológicamente con la Fenciclidina (“rocket fuel”), una potente droga recreacional. Sus nombres comerciales más conocidos son Ketolar ®. Se empezó usar como droga recreacional en las fiestas playeras de   Goa (India) a principios de los años 80.  En India, al igual que en otros países donde los recursos escasean, la Ketamina podía ser obtenida fácilmente a lo largo y ancho de todo el país, y de allí paso a través de los turistas a Inglaterra y EEUU. La droga llegó a España diez años más tarde, generalizándose tanto su uso que en 1999 el Consejo General de Colegios Farmacéuticos de España recordó la necesidad de ser prescrita para uso exclusivamente hospitalario. El 3 de enero de 1996, el Inspector que suscribe (3) detectó su uso y venta de forma casual en un local (la gasolinera próxima a la Ciudad Sanitaria Virgen de la Arrixaca) en Murcia, interpelando en el acto a una pareja de la Guardia Civil, acreditándose el inspector ante los dos guardias civiles, fueron  al foco del problema ( las plantas pre quirúgicas  en del Hospital Arrixaca), donde había una custodia inadecuada del Ketalar ®. La responsabilidad de la custodia de esta sustancia es dependiente del Servicio de Farmacia Hospitalaria. A raíz de dicha intervención se jubiló anticipadamente el Jefe del Servicio Farmacéutico. Fin de la Historia.

 En el Federal Register de 12 de agosto de 1999, (4) la DEA incluyó la Ketamina en la Lista III de las sustancias controladas en Estados Unidos, al haber aumentado los decomisos policiales y las urgencias médicas asociadas al uso/abuso de Ketamina. Por ello, aunque continúa teniendo un uso médico y veterinario, se ha aumentado el control sobre su producción, distribución y venta, y se castiga con mayor dureza su posesión, producción, distribución y venta ilícitas (5).

 En España la Ketamina tiene la consideración de medicamento por la AEM y por lo tanto no está penado su uso terapéutico. Los preparados farmacéuticos de Ketamina (Ketalar ® se presentan en forma líquida, pero se cocinan posteriormente y liofilizándose en polvo mediante el simple método de calentarlos al baño maría, o en el horno a 90-95 C, hasta que se evapora el líquido. Queda entonces un polvo blanco, que es raspado con una cuchilla para desprenderlo del recipiente y machacado para hacerlo más fino y apto para ser esnifado o depositado sublingualmente.  Como el caso que detectamos. El polvo obtenido normalmente es vendido tal cual, tal como lo decomisó la Policía Nacional, pero a veces ha sido prensado en forma de comprimidos para venderlos como si fueran pastillas de éxtasis (9).

 En su obra autobiográfica The scientist  el autor J.C. Lilly (6), relata como durante unos pocos minutos tras la ingesta  no se siente ningún tipo de efecto. Después estos aparecen de modo súbito y progresan muy rápidamente hasta que se llega a una estabilización, a una meseta, que puede durar de 10 a 45 minutos . Las experiencias de Lilly impacta leerlas. Especialmente sus descripciones de autoscopia y sensación de desprendimiento de su alma del envase vacío de su cuerpo.  Después, según decrecen los niveles de Ketamina en plasma, el consumidor puede analizar, según Lilly, y hasta cierto punto controlar los efectos y fenómenos que ocurren durante un período de 20 a 60 minutos o más (según la dosis y la vía de administración.  Lilly probó en sí mismo diferentes dosis de Ketamina, determinando qué efectos se correspondían con cada una de ellas. El autor, que utilizaba la vía intramuscular, estableció que con 10 mg, los efectos eran prácticamente indetectables. Con 20mg, se producía un cosquilleo en la piel y un ligero aumento de la energía corporal, aunque no había cambios en el campo visual o en la percepción de sí mismo. 30 mg, producían cambios perceptivos, y con los ojos cerrados aparecían imágenes muy vivas. Con75 mg, Lilly llegaba a la autoscopia, o sea, abandonaba su cuerpo y participaba en las escenas que antes eran sólo imágenes visuales o-eidéticas, llegando a comunicarse e interactuar con seres extraños que habitaban esos mundos onírico festivos. Administrándose 150 mg, el autor perdía su sentido de identidad: “Yo como individuo desaparecía” (7) y con 300 mg, era incapaz de escribir lo que sucedía, le parecía como si hubiese entrado en el vacío, por lo que consideraba esta dosis demasiado elevada para la exploración psíquica, siendo de la opinión de que las “regiones” y experiencias alcanzables con estas cantidades de Ketamina “estaban más allá del entendimiento humano”.

Los investigadores rusos Krupitsky y Grinenko (8) que durante años realizaron un uso terapéutico de la Ketamina en el tratamiento de pacientes alcohólicos, relataban que muchas delas personas que recibían inyecciones de Ketamina para tratar su adicción, después de la administración decían entender el concepto cristiano de separación del alma y el cuerpo, conviene señalar en este punto que los pacientes eran rusos y generalmente ateos.

Otro fenómeno muy llamativo e impactante que puede darse con la administración de dosis altas de Ketamina son las experiencias cercanas a la muerte (NDE Near Death Experiences). Este término, acuñado por Raymond A. Moody en su libro Vida Después de la Vida (1999),   designa la experiencia de abandonar el propio cuerpo, creyendo firmemente que uno ha muerto, y viajar a través de un túnel hasta una luz brillante que generalmente se identifica con seres espirituales supremos.(10)

CONCLUSIONES

La Ketamina y sus isómeros, pese a tener estatus legal de medicamentos y a que no están sometidas a fiscalización, no por ello dejan de ser potentes drogas que, fuera de su uso terapéutico, pueden crear   muertes y graves reacciones. En el análisis de las sustancias decomisadas por los cuerpos de seguridad es fundamental tener actualizada la “library” del cg/ms. La problemática de los isómeros como “loophole” o agujero legal que impide su detección debe ser tenida en cuenta por los laboratorios de Control de Drogas.

 

BIBLIOGRAFIA.

 

(1)   DOMINO, E. F.; CHODOFF, P. & CORSSEN, G. 1965. Pharmacological effects of CI-581, a new dissociative anesthetic, in man. Clinical and Pharmacological

Therapeutics 6, p 279-261.

(2)   COLLINS, V. 1996. Anestesia intravenosa: no barbitúricos-no narcóticos. En COLLINS, V. Eds,: Anestesiología.Anestesia General y Regional. McGraw-Hill-Interamericana. México. p 743-796

(3)   LOPEZ-CORBALAN, J.C. en  Drogodependecnias. Móulo II- (2009) Aspectos sanitarios. Legales y sociales de la drogadicción.  Consejo Generl de Colegios Farmacéuticos Ed BGA  Barcelona.

 (4)  DEA. 1999. Schedules of Controlled Substances: Placement of Ketamine into Schedule III. http://www.usdoj.gov/dea/programs/diverson/ketamine.htm

 (5)  IPRC. 1997. New York passes tough ketamine law. Substance Abuse News Summary Service, 29/09/1997

 (6)  LILLY, J. 1997. The Scientist: A metaphysical autobiography. Ronin Publishing. Berkeley, California. 208pags.

 (7) HIDALGO, E. 2001. Ketamina: Usos y Abusos. Ulises:Revista de Viajes Interiores, 4, Primavera 2001. Los Libros de la Liebre de Marzo. Barcelona. p 24-31.

(8) KUPRITSKY, E. M. & GRINENKO, A. Y. 1997. Ketamine Psychedelic Therapy (KPT): a review of the results of ten years of research. Journal of Psychoactive Drugs 29 (2): p 165-183.

(9) LUNA, A. & SÁNCHEZ, C. 1998. Análisis toxicológico delos comprimidos de MDMA en España. En: BOBES,J. & LORENZO, P. Eds: Extasis (MDMA): un abordajecomprehensivo. Masson, S. A. Barcelona. p 73-88.

(10)  MOODY, R. A. 1999. Vida Después de la Vida. Edaf.Madrid. 208 pags

 




Estratategias para escapar a la accion fiscalizadoras- Uso de isómeros de sustancias prohibidas.

 

Una de las estrategias habituales  que hacen los usuarios de drogas, para evitar ser imputados  y poder usar sustancias sin estar sometidas a procesos de  regulación o fiscaliacion de drogas es usar los isómeros.

 


 

Este uso de isómeros está más generalizados  en el campo de los canabinoies artificiales.

Este procesos de la isomería tiene por fin profundizar en la lagunas legales que hacen que muchas de éstas sustancias no están sometidas a fiscalización.

Y los delincuentes ( con bata  y sin bata) van por delante de las Administraciones sanitarias.

 Hace unos meses nosotros detectamos uno de -estos  compuestos,concretamente el JWH.210  en Valencia  .

 

 Más aquí. artículo completo.

 

Hay un interesante estudio canandiense en el que  se estudian comparativaente   uno de los isómeros , en concreto seis isómeros del JWH 122 ( isómero  122-4).

Se hizo un estudio comparativo tomando como referencia el delta 9 THC  One strategy used to evade regulation is to distribute isomers of regulated synthetic cannabinoids. ´

 Se utilizaron células HEK293T  ( receptores   CB1 cerebrales para el cannabis) usando la técnica  pGloSensor-22F y la inhibición de los niveles de  AMPc.

domingo, 29 de noviembre de 2020

Metilación del ADN. Hábitos saludables.

 Hábitos saludables epigenómicos



Ejemplo de comida saludable: pedazo paella que  hizo mi amigo Antonio y su mujer Yolanda. La receta  es secreto de estado, pero con PayPal todo es mas fácil, estamos  dispuestos a compartirla por un módico precio: 90 dracmas


Metilación del ADN.

Se ha descubierto que en eucariotas, a la base citosina se le añade un grupo metilo el cual permite la conformación cerrada de la cromatina. 


Parece ser  que un alto grado de metilación se asocia con el silenciamiento de genes


Una forma de controlar el grado de metilación es por medio de acción de efectos ambientales. En los mamíferos se ha visto que la  S-adenosil metionina, la colina, el ácido fólico y las piridoxinas (que son sustancias provenientes de la dieta, aunque   existan medicamentos donadores de grupos metilo que fueron perseguidos inmisericordemente por la Administración diciendo que eran in

utiles, hasta agotar económicamente a  laboratorio que producía la S-adenosil metionina) , y estos productos y suplementos nutricionales ) tienen como función la adición de grupos metilos. 


Por lo general la metilación se da en mayor grado en las islas CpG (regiones con alta concentración de citosina y guanina) las cuales forman parte de la región promotora de los genes. Para que la metilación se produzca de forma adecuada necesita del ADN metiltransferasa, la cual se encarga de establecer y mantener los patrones de metilación y necesita de las proteínas de unión metil-CpG las cuales están involucradas en hacer las marcas de metilación.

Con una técnica llamada Bead Chip, podemos  ver la metilación en el genoma humano. Estos  métodos de  alta densidad Bead Chip  puede analizar 480.000 sitios CpG  s  y analizar 12 muestras  al mismo tiempo., cubriendo el 99 % de  los genes RefSeq.

¿Que son las CpG islands ? Click para  respuesta, cortesía de la infame Wikipedia.


Una técnica que se emplea es el uso de  bisulfite sequencing  y también les aconsejamos   leer el apartado DNA methylation . 


Por hoy, suficiente, que me he hipermetilado.


IIntroduction DNA methylation plays an important and dynamic role in regulating gene expression. It allows cells to become specialized and stably maintain those unique characteristics throughout the life of the organism, suppresses the deleterious expression of viral genes and other non-host DNA elements, and provides a mechanism for response to environmental stimuli. Aberrant DNA methylation (hyperor hypomethylation) and its impact on gene expression have been implicated in many disease processes, including cancer1 . To enable cost-effective DNA methylation analysis for a variety of applications, Illumina offers a robust methylation profiling platform consisting of proven chemistries and the iScan and HiScan®SQ systems. The HumanMethylation450 BeadChip (Figure 1) offers a unique combination of comprehensive, expert-selected coverage and high throughput at a low price, making it ideal for screening large sample populations such as those used in genome-wide association study (GWAS) cohorts. By providing quantitative methylation measurement at the single-CpG–site level for normal and formalin-fixed parafin-embedded (FFPE) samples, this assay offers powerful resolution for understanding epigenetic changes. Comprehensive Genome-Wide Coverage The Infinium HumanMethylation450 BeadChip provides unparalleled, genome-wide coverage featuring comprehensive gene region and CpG island coverage, plus additional high-value content selected with the guidance of methylation experts. Infinium HD technology enables content selection independent of bias-associated limitations often associated with methylated DNA capture methods. As a result, 99% of RefSeq genes are covered, including those in regions of low CpG island density and at risk for being missed by commonly used capture methods. Importantly, coverage was targeted across gene regions with sites in the promoter region, 5'UTR, first exon, gene body, and 3'UTR in order to provide the broadest, most comprehensive view of methylation state possible (Figure 2). This multiple-site approach was extended to CpG islands/CpG island regions for which 96% of islands were covered overall, with multiple sites within islands and island shores, as well as those regions flanking island shores (island shelves). Beyond gene and CpG island regions, multiple additional content categories requested by methylation experts were also included: • CpG sites outside of CpG islands • Non-CpG methylated sites identified in human stem cells • Differentially methylated sites identified in tumor versus normal (multiple forms of cancer) and across several tissue types • FANTOM 4 promoters • DNase hypersensitive sites • miRNA promoter regions • ~ 90% of content contained on the Illumina HumanMethylation27 BeadChip Streamlined Workflow The HumanMethylation450 BeadChip follows a user-friendly, streamlined workflow that does not require PCR. Its low sample input requirement (as low as 500 ng), enables analysis of valuable samples Infinium® HumanMethylation450 BeadChip The ideal solution for affordable, large sample–size genome-wide DNA methylation studies. Figure 1: Infinium HumanMethylation450 BeadChip The Infinium HumanMethylation450 BeadChip features more than 450,000 methylation sites, within and outside of CpG islands. 4305493023 ® Data Sheet: Epigenetics derived from limited DNA sources. HumanMethylation450 BeadChip kits contain all required reagents for performing methylation analyses (except for the bisulfite conversion kit, which is available separately). Data Integration Of all the genes represented on the HumanMethylation450 BeadChip, more than 20,000 are also present on the HumanHT-12 v4 Expression BeadChip2 , permitting combined analysis of global methylation status and gene expression levels. In addition, investigators may integrate methylation data with genotyping data from GWAS studies to better understand the interplay between genotype and methylation state in driving phenotypes of interest. High-Quality Data The HumanMethylation450 BeadChip applies both Infinium I and II assay chemistry technologies (Figure 3) to enhance the depth of coverage for methylation analysis. The addition of the Infinium II design allows use of degenerate oligonucleotide probes for a single bead type, enabling each of up to three underlying CpG sites to be either methylated or unmethylated with no impact on the result for the queried site. Illumina scientists rigorously test every product to ensure strong and reproducible performance, enabling researchers to achieve industryleading data quality. Precision and Accuracy Reproducibility has been determined based on the correlation of results generated from technical replicates. The HumanMethylation450 BeadChip showed strong correlation between replicates (r>0.98), as well as with the HumanMethylation27 BeadChip and whole-genome bisulfite sequencing (Figure 4). Sensitivity By comparing the results of replicate experiments (duplicates of eight biological samples), Illumina scientists have shown that the HumanMethylation450 BeadChip reliably detects a delta-beta value of 0.2 with a lower than 1% false positive rate. Internal Quality Controls Infinium HD–based assays possess several sample-dependent and sample-independent controls so researchers have confidence in producing the highest quality data. The HumanMethylation450 BeadChip includes 600 negative controls, which are particularly important in methylation analysis assays since sequence complexity is decreased after bisulfite conversion. The GenomeStudio® Methylation Module Software has an integrated Controls Dashboard where the performance of all controls can be easily monitored. Figure 3: Broader Coverage Using Infinium I and II Assay Designs The HumanMethylation450 BeadChip employs both Infinium I and Infinium II assays, enhancing its breadth of coverage. Infinium I assay design employs two bead types per CpG locus, one each for the methylated and unmethylated states. The Infinium II design uses one bead type, with the methylated state determined at the single base extension step after hybridization. Unmethylated locus Infinium I Infinium II Methylated locus Unmethylated locus Methylated locus Unmethylated bead type Methylated bead type CpG locus Bisulfite converted DNA CA GT CG GC CAx GC CGx GT U U M M M Single bead type CpG locus Bisulfite converted DNA U A G C T A G C T A G C T A G C T CG GC CA GT A G CT A G CT 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ Figure 2: HumanMethylation450 BeadChip Provides Coverage Throughout Gene Regions TSS1500 TSS200 5’ UTR 1st exon Gene body 3’ UTR Feature Type Genes Mapped Percent Genes Covered Numberof Loci on Array NM_TSS200 14895 0.79 2.56 NM_TS1500 17820 0.94 3.41 NM_5'UTR 13865 0.78 3.34 NM_1stExon 15127 0.80 1.62 NM_3'UTR 13042 0.72 1.02 NM_GeneBody 17071 0.97 8.97 NR_TSS200 1967 0.65 1.84 NR_TSS1500 2672 0.88 2.92 NR_GeneBody 2345 0.77 5.34 N Shelf N Shore CpG Island S Shore S Shelf Feature Type Islands Mapped Percent Islands Covered Average Numberof Loci on Array Island 26153 0.94 5.08 N_Shore 25770 0.93 2.74 S_Shore 25614 0.92 2.66 N_Shelf 23896 0.86 1.97 S_Shelf 23968 0.86 1.94 The HumanMethylation450 BeadChip offers broad coverage across gene regions, as well as CpG islands/CPG island regions, shelves, and shores for the most comprehensive view of methylation state. Data Sheet: Epigenetics Figure 4: High Assay Reproducibility A: HumanMethylation450 Replicate Correlation R2 = 0.9969 HumanMethylation450 BeadChip HumanMethylation450 BeadChip B: HumanMethylation27 vs. HumanMethylation450 Correlation HumanMethylation450 BeadChip HumanMethylation27 BeadChip C. HumanMethylation450 vs. Whole-Genome Bisulfite Sequencing Array Array Sequencing Sequencing Lung Normal Lung Tumor R2= 0.92 R2= 0.93 Using the HumanMethylation450 BeadChip, users can be confident of obtaining consistent, robust data. Representative plots from internal testing show strong replicate correlation (A), as well as strong correlation with the HumanMethylation27 BeadChip (B) and whole-genome bisulfite sequencing (C). Figure 5: Integrated Data Analysis with Illumina GenomeStudio Software H U Normal Cancer M GenomeStudio software supports DNA methylation analysis on any platform. Data are displayed in intuitive graphics. Gene expression data can be easily integrated with methylation projects (plotted on right). Table 1: Comparative Infinium HumanMethylation450 Data Quality Metrics—Standard vs. FFPE HumanMethylation450 BeadChip Standard Protocol FFPE Protocol Reproducibility (Technical replicates) r2 ≥ 98% r2 ≥ 98% Number of sites detected* ≥ 99% ≥ 95% *Based on non-cancer samples, recommended sample input amounts of high-quality DNA as confirmed by PicoGreen and following all other Illumina recommendations as per respective User Guides. Integrated Analysis Software HumanMethylation450 BeadChip data analysis is supported by the powerful and intuitive GenomeStudio Methylation Module, enabling researchers to effortlessly perform differential methylation analysis (Figure 5). The GenomeStudio software features advanced visualization tools that enable researchers to view vast amounts of data in a single graph, such as heat maps, scatter plots, and line plots. These tools and the GenomeStudio Genome Browser display valuable information such as chromosomal coordinates, percent GC, location in a CpG Island, and methylation β values. Data generated by the Infinium HD methylation assay are easily compatible with data from other Illumina applications, including gene expression profiling. This enables researchers to perform crossapplication analysis such as the integration of gene expression data with HumanMethylation450 BeadChip methylation data. Methylation Studies with FFPE Samples Researchers can perform methylation studies on FFPE samples by using a special, modified version of the Infinium HumanMethylation450 BeadChip protocol3 that leverages the easy-to-use Infinium FFPE DNA Restoration Solution4, to produce robust, highly reproducible results (Table 1). The FFPE DNA Restoration Solution includes the Illumina FFPE QC and the Infinium HD FFPE DNA Restore Kits. Please note that while the FFPE DNA Restoration Solution and HumanMethylation450 BeadChip kits are the same for normal and FFPE samples, investigators running FFPE samples should only follow the workflow described in the Infinium HD FFPE Methylation Assay protocol (manual or automated)5,6, as it includes important changes to the standard protocols for each kit. Data Sheet: Epigenetics Illumina • +1.800.809.4566 toll-free • 1.858.202.4566 tel • techsupport@illumina.com • www.illumina.com For research use only © 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iSelect, MiSeq, Nextera, Sentrix, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. All other brands and names contained herein are the property of their respective owners. Pub. No. 270-2010-001 Current as of 09 March 2012 Summary The HumanMethylation450 BeadChip’s unique combination of comprehensive, expert-selected coverage, high sample throughput capacity, and affordable price makes it an ideal solution for large sample–size, genome-wide DNA methylation studies. References 1. Portela A, Esteller M (2010) Epigenetic modifications and human disease. Nat Biotechnology 28: 1057–1068. 2. http://www.illumina.com/products/humanht_12_expression_beadchip_kits_ v4.ilmn 3. Infinium HD FFPE DNA Restoration Protocol 4. http://www.illumina.com/products/infinium_ffpe_dna_restoration_solution. ilmn 5. Infinium HD FFPE Methylation Assay, Manual Protocol 6. Infinium HD FFPE Methylation Assay, Automated Protocol 7. Illumina FFPE QC Assay Protocol Ordering Information Catalog No. Product Description WG-314-1003 Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit (24 samples) Each package contains two BeadChips and reagents for analyzing DNA methylation in 24 human DNA samples. WG-314-1001 Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit (48 samples) Each package contains four BeadChips and reagents for analyzing DNA methylation in 48 human DNA samples. WG-314-1002 Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit (96 samples) Each package contains eight BeadChips and reagents for analyzing DNA methylation in 96 human DNA samples. Each HumanMethylation450 BeadChip can process 12 samples in parallel and assay >450,000 methylation sitesmpronta genómica y herencia epigenética

Impronta genómica

Los procesos de metilación juegan un papel importante en la acción de la impronta genómica. En los vertebrados solo se ha descubierto este mecanismo en los mamíferos. Según el origen parental los genes pueden ser activados o silenciados. La impronta afecta el crecimiento prenatal y se ha establecido su importancia en la generación de enfermedades. Durante la gametogénesis se inicia la impronta genómica y por lo tanto esta es heredada durante la fusión de los gametos. Durante la formación del cigoto la impronta es reprogramada en el nuevo individuo. El ejemplo más claro de este mecanismo se da en la regulación de la dosis compensatoria del cromosoma X. Esta reprogramación juega un papel importante en la expresión de los genes de tejidos específicos que si llegan a ser modificados pueden tener consecuencias en el desarrollo adecuado del organismo. Por lo tanto, con un mejor entendimiento de cómo ocurren estos procesos y como son regulados, se puede llegar a entender enfermedades como la preeclampsia, las pérdidas durante la gestación, los fallos que se dan en la reproducción asistida, los problemas asociados con la infertilidad y el cáncer entre otros.

Herencia epigenética

La herencia epigenética resulta de la transmisión de información que no depende de secuencias de las bases nitrogenadas del ADN a través de la meiosis o mitosis. La información epigenética modula, por tanto, la expresión de los genes sin alterar la secuencia de ADN. Los patrones de metilación de ADN son los mejor estudiados y entendidos como marcadores de fenómenos epigenéticos.

El epigenoma es la información epigenética global de un organismo.

Los tres principales tipos de información epigenética son:

  • Metilación de la citosina del ADN: es un cambio en el ADN, en la que un grupo metilo es transferido desde S-adenosilmetionina a una posición C-5 de citosina por una ADN-5 metiltrasferasa. La metilación del ADN ocurre, casi exclusivamente, en dinucleótidos CpG, teniendo un importante papel en la regulación de la expresión del gen.
  • Impronta genética: la impronta se manifiesta solo en organismos superiores (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial y la última versión). Cuando hablamos de "imprinting", nos referimos a genes que pueden modificar su funcionamiento sin necesidad de un cambio en la secuencia del ADN. Este cambio en su forma de manifestarse que tienen los genes "imprintados" está generalmente ligado a su origen parental. Un gen imprintado se manifiesta de una manera cuando su origen es paterno y de otra cuando proviene del gameto materno. Parece ser que existe un mecanismo celular que de algún modo "marca" o deja una impronta sobre todos los genes "imprintables" de acuerdo al sexo del individuo.
  • Modificación de histonas: incluye acetilaciónmetilación y fosforilación.

También hay que indicar que la célula no puede sintetizar los orgánulos "de novo"; por ello, además de la información que contiene el ADN, una célula necesita información epigenética en forma de al menos una proteína característica en la membrana del orgánulo que se quiera sintetizar. Esta información se transmite desde la membrana del padre a la de la progenie en forma del propio orgánulo.

Sin embargo, al nombrar estos mecanismos, hay que recordar que "indirectamente", al analizar el origen de cada proceso en sí mismo, aún están involucrados los genes (como por ejemplo los genes de la enzima ADN-metiltransferasahistonas, etcétera) y, por ende, también indirectamente están involucrados los cambios genéticos (como mutaciones) que puedan sufrir estos genes, o sobre los genes en que actúan. Del mismo modo, aunque las modificaciones epigenéticas no implican en el proceso un cambio en la secuencia de nucleótidos del ADN, sino que consisten en un cambio en la expresión de los genes, la selección natural igualmente, a partir del resultado biológico de dicha expresión de genes, actuará sobre el proceso epigenético y sobre el organismo que lo manifiesta.



jueves, 26 de noviembre de 2020

Muertes por opiáceos y epigenoma.








   ¿Qué tienen en  común la muerte de  Prince, del actor Philip  Seymour Hoffman , por citar sól a  dospersonnajes muy conocidos, o dos perfectos desconocidos  un negrito del  South Chicago  o  un blanquito de Leganés?. 

 Respuesta: la Sobredosificación por consumo de  opiáceos de última generación.

El abuso de opiáceos y los cambios epigenéticos son un posible  biomarcador del abuso.

 

El epigenoma se compone de compuestos químicos que modifican, o marcan, el genoma de manera que le dice qué hacer, dónde hacerlo y cuándo hacerlo. Células diferentes tienen diferentes marcas epigenéticas.

El epigenoma está formado por compuestos químicos y proteínas, o etiquetas químicas, que pueden unirse al ADN y dirigir acciones tales como la activación o desactivación de genes, y el control de la producción de proteínas en células específicas.

Los factores epigenéticos se encargan de regular el momento y la cantidad de expresión de los genes a través de modificaciones a nivel del ADN y de proteínas asociadas.

La transmisión epigenética transgeneracional de rasgos permite que las generaciones futuras sean las más competitivas en su entorno. De acuerdo con este supuesto, los programas de genes adaptativos adquiridos durante la vida paternal persisten en la generación subsecuente.

Las marcas epigenéticas no son genes, pero la genética moderna nos enseña que no solo los genes influyen en la genética de los organismos. 

La epigenética reinterpreta conceptos conocidos y desvela nuevos mecanismos mediante los cuales la información contenida en el ADN de cada individuo es traducida.

La epigenética supone un incremento de la información genética, pero este puede ser para bien, y beneficiar la salud del individuo activando barreras naturales que prevengan contra el desarrollo de algunas enfermedades, o para mal, originando una disfunción que favorezca las situaciones patológicas.

La epigenética se refiere a los mecanismos celulares que controlan la expresión de genes sin alterar directamente la secuencia de ADN que estos genes incluyen. En este sentido, cabe referenciar que el término epigenético hace alusión a que está por encima de la genética.

La estructura molecular interna de los cromosomas se ha dividido en 3 capas:

  • Genes codificadores de proteínas: Los que se conocen como los únicos depósitos de la herencia;
  • Genes no codificadores: Cumplen una función destacada, pues a la par que las histonas, las señales químicas unidas al ADN forman la cromatina; resultan importantes para la herencia y para el desarrollo de las enfermedades y dan lugar a cadenas activas de ARN, las mismas que alteran el comportamiento de los genes codificadores;
  • Capa epigenética de la información: Resulta crucial para el desarrollo, el crecimiento, el envejecimiento y el cáncer. No altera la secuencia de ADN aunque influye en su expresión. Los mecanismos epigenéticos pueden integrar señales genómicas y ambientales para controlar el desarrollo de un fenotipo particular, por lo que están íntimamente ligados con la plasticidad fenotípica y la salud.​

Son las "epimutaciones" las que, según algunas teorías, darían origen a enfermedades como la esquizofrenia, mientras que las variaciones epigenéticas explican, por ejemplo, las discordancias entre gemelos idénticos, quienes muestran idénticas secuencias de ADN.

Las variaciones epigenéticas controlan la actividad de los genes; si es alta la concentración de sustancia "X", la actividad será alta

El código epigenético está constituido por un sistema de moléculas unidas al ADN o a las histonas, un código de las histonas es el que gobierna la expresión de los genes, pues sus colas proteicas (las de las histonas) catalizan una gran variedad de adiciones químicas, como los acetilos que amplifican genes vecinos.


martes, 24 de noviembre de 2020

Inmunología: los robustos linfocitos T serán la solución.

 Se habla todos los días de la vacuna o vacunas, sale el ministro funerario filósofo de campanario híbrido de funcionario de  pompas fúnebres y monja alférez, se ponen  a mentirnos en nuestra cara, sin tapujo ni vergüenza alguna.  Sin cortarse u  pelo, con la misma cara de los que se afeitan todos los días con cemento armado.

Y es un error basarlo todo en las vacunas.

Parafraseando a  Jakob Spengler: 



" al final será un pelotón de soldados quien salve a la civilización". 


Pues si:  al final serán un puñado de linfocitos T  robustos naïve como factor predictivo de la respuesta inmune frente al SARS-CoV-2 y sus potenciales vacunas. 


La capacidad de respuesta inmune eficaz frente a un nuevo patógeno va a depender de manera primordial de la capacidad de renonocimiento específica por parte de los linfocitos T native. La reducción de estas células como consecuencia del envejecimiento fisiológico o secundario a patología podría ser el responsable del inadecuado control de la infección frente al SARS-COV-2. En pacientes con determinado componente genético o fisiopatogénico se puede producir, quizás como mecanismo compensatorio, la respuesta inflamatoria exagerada y descontrolada que unida a otros factores de riesto conduce a un fatal desenlace. Definir el perfil linfocitario que caracteriza a los pacientes con distintos grados de afectación por SARS-CoV-2, permitirá predecir aquellos con mayor riesgo de complicaciones o que podrían no beneficiarse de la vacunación una vez que esta esté disponible.

martes, 17 de noviembre de 2020

Estado actual de las vacunas y Ensayos Clínicos .





  Actualizar conocimientos. La carrera por las vacunas ha comenzado.

 En los enlaces adjuntos vemos la evolución a tiempo real de la pandemia, así como el estado actual de las investigaciones clínicas.

domingo, 1 de noviembre de 2020

Bloqueando la union del SARS-CoV 2 al receptor ACE/2 humano con ácido linoleico.

 



Las técnicas de VR   indican - dicho sea con mucha cautela- que existe una región hidrofóbica en la estructura de la proteína S del SARS-CoV-2  a la que se une el ácido linoleico, que actuaría  bloqueando la entrada del   Virus que causa la COVID19. 

Esta región  hidrofóbica estaría constituida por dos  resíduos de  dos aminoácidos que forman parte de los  1374  aminoácidos  que forman la  proteína S, en concreto se trataria de fenil alanuina 374, tirosina 369 . lisina 417  y  valina , mientras que la cabeza hidrófila del citado  ácido ( que es un omega 6), establecería una sólida unión  de puentes de hidrógeno  con la  cabeza hidrofílica del acido linoleico y los aminoácidos glutamina  409 y arginina 408 ( en el vídeo del científico  tinerfeño que trabaja en la compañía  tecnológica Nanome  en Nueva York, aparece en el minuto 2:24.


 Ver vídeo de Daniel Griffat.y  otro vídeo explicativo de la unión del SARS-CoV-2  a las células epiteliales. Ojo:no endoteliales.




¿Se imaginan hacer enjuagues bucales  con  aceite de girasol (  que contiene  un 62 %) de acido linoleico) e impedir la unión  del virus al receptor ACE/2 h?.

¿ curar la enfermedad  haciendo gárgaras con  aceite de girasol? No caerá esa breva, como dicen en la Huerta de Murcia. 


La estructura primaria de S1 y en ella emplazo el RBD – «Receptor Binding Domain» o dominio de unión al receptor- entre los aminoácidos 318 y 510, y, dentro de éste, a la región donde están los seis aminoácidos críticos para la fijación a ACE2, o RBM -«Receptor Binding Motif» o motivo de unión al receptor- entre los aminoácidos 424 y 494. Es decir, el RBD es más amplio y comprende al RBM y a otro sitio interesante con posible afinidad por integrinas a través de una secuencia RGD.



 

 

 «Receptor Binding Domain» RBG  o dominio de unión al receptor-  está entre los aminoácidos 318 y 510, y, dentro de éste, a la región donde están los seis aminoácidos críticos para la fijación a ACE2, o RBM -«Receptor Binding Motif» ( lo tienen en ROJO) 

 

 


 

 o motivo de unión al receptor- entre los aminoácidos 424 y 494.

Las integrinas son glicoproteínas heterodiméricas presentes en las membranas celulares y que cumplen multitud de funciones que no puedo explicar aquí. En el caso de los agentes infecciosos, y en nuestro caso, los virus, las integrinas pueden funcionar como receptores celulares a los que dichos virus pueden fijarse. Pero las integrinas no se unen a un motivo cualesquiera, sino que reconocen pequeños péptidos a los que acoplarse. El más famoso y mejor estudiado, con diferencia, es el tripéptido RGD, donde R es la arginina, G la glicina y D el aspártico, siguiendo la nomenclatura de una letra para cada aminoácido que desarrollara hace muchos años la doctora Margaret Oakley Dayhoff . Esa mínima secuencia de tres aminoácidos, descubierta por Erkki Ruoslahti en los años noventa, es capaz de fijarse a prácticamente cualquier integrina. Como este coronavirus tiene una secuencia RGD en su RBD, se presume que será capaz de fijarse a integrinas presentes en las células del epitelio nasofaríngeo y respiratorio. Las integrinas actúan como receptores de tracción mediante un mecanismo que incorpora al virus al interior de endosomas celulares como paso previo a la liberación de su RNA en el citoplasma tras el mecanismo de clivage y fusión. Si quieres más información sobre RGD e integrinas echa un vistazo al artículo clásico de Ruoslahti «RGD and other recognition sequences for integrins» que aparece en «Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1996, 12: 697–715». Saludos.