Diseñando isoformas contra el SARs CoV 2.

Para que un fármaco pueda interactuar, hay que encontrar las propiedades físico químicas para que pueda interaccionar con el sustrato o receptor. Los fármacos se acoplan a los “huecos hidrófobos que tienen las moléculas orgánicas.

Además tenemos la desventaja de que dicho fármaco debe actuar dentro de una "ventana terapéutica estrecha", ya que el SARS CoV 2 ese replica mucho en los primeras 96 horas, que es precisamente cuando apenas si hay síntomas ,pero la persona es altamente infectante.

Los candidatos más avanzados y los que se están usando en EE son los anticuerpos monoclonales, administrados en los primeros días de la infección.

Para buscar un fármaco antiviral adecuado se están usando modelos “in silicio” sobre A) Fármacos ya conocidos, con patente y con registro previo, con lo cual nos evitamos los años de arduo proceso hasta comprobar que son adecuadamente atóxicos a la especie humana. Hay grupos "farmacoforos2 ya estudiados y mediante los procesos de síntesis podemos usar "librarys" o bibliotecas de cientos de sustancias y luego ir usando técnicas de supercomputación buscando que molécula se acopla mejor a esos residuos hidrófobos " y que Energía de Gibbs producen esas reacciones, expresadas en kcal/ mol.

B) F Molécula nuevas que se diseñan por supercomputadores para realizar un “screening” o procedimiento de análisis y evaluación de sus características físico químicas de unión al receptor. Aquí tendríamos, entre otras, las isoformas diseñadas por algoritmos para determinados epitopes. Todos los virus del planeta siguen la regla de que para generar sus genomas tienen que hacer RNA mensajero y ser leído por los ribosomas del huésped. TODOS. Por lo tanto, los fármacos antivirales podrán tener diferentes “targets”, pero todos al final pasan por esas horcas caudinas de tener que traducir su m RNA en proteínas o material genómico usando las organelas, ribosomas y enzimas del huésped a quien infectan.

En consecuencia, es fundamental desarrollar un antiviral efectivo, barato, de administración oral, de buena biodisponibilidad, de toxicidad selectiva y además barato. La palabra "barato" y "anticuerpos monoclonales" es un oxímoron, pues su tratamiento excede los 20.000 euros. Habrá pues que seguir buscando moléculas más específicas y más accesibles a toda la población. Hay 28 proteínas sobre la superficie del virus, pero las 4 más conocidas son: La proteína S (espiga), la N (nucleocápside), la M (de membrana) y la E (Envoltura).

En la actualidad casi todo el esfuerzo de focaliza sobre los 1274 aminoácidos de la proteína S o espícula. Al ser grandes estructuras, podemos visualizarlas por técnicas de Crio EM y VR y buscar esos residuos hidrofóbicos formados por aminoácidos aromáticos (“pockets”) donde podrían encontrarse receptores para moléculas de peso molecular de entre 350 y 900. Se pueden diseñar diferentes ISOFORMAS de no más de 15-30 aminoácidos y experimentar que grado de bloqueo producen sobre determinados epitopes del virus, en un intento de crear anticuerpos monoclonales útiles para tratar la infección dentro de los 6-7 primeros días, una ventana terapéutica desgraciadamente muy pequeña, tras la cual su efecto clínico disminuye considerablemente. Igualmente se han estudiado mezclas o cocteles de diferentes anticuerpos monoclonales y se ha visto que su uso combinado desciende considerablemente las variantes de escape. Como en el ejemplo descrito en la figura de abajo.

Coronatimos

Entre los muchos timos o presuntos timos quE esta pandemia ha traido hoy les presentamos un espray ( UN BOTECITO CON AEROSOL) que, aplicado en las coanas de la nariz, atencion: a) El spray da 5 horas de proteccion" b) "Bloquea la entrada hasta el 97 % de virus" c) "funciona a los 50 segundos de su aplicacion". Este compuesto, esta formado por una solucion galenica de 89 % de Hipromelosa, 6 % de acido citrico, 4 % de citrato de socio, Cloruro de benzalconio al 0,1 % y mentol. De todos estos compuestos, el unico con actividad germicida es quizas el cloruro de benzalconio. Los demas...pues con mucha ilusion. Supustamente este gel mantendria las coanas de la nariz impregnadas con un ph acido y eso evitaria la proliferacion del virus. si lo tragas por boca, estas listo d epapeles. Bueno, lleva marcado CE y el truco es que no lo presentan como medicamento porque con ess indicaciones nunca hubiera pasado las pruebas de evaluacion de la Agencia Española del medicamento, sino lo introducen en el mercado español como "producto sanitario". Creemos que precisamente una de las vias por la que el SARSCOv2 se engancha y luegos e fusiona es mediante la union al receptor AE72 y producir una proteina de fusion 6 TLX en un cleavage o proteolisis mediado por una proteina de corte de furina en el sitio S1/s2 y luego otra cleavage o proteolisis por catepsina L y TMPRSSA2, que FUNCIONAN MUCHISIMO MEJOR A PHACIDO, por loq ue mantener un pH acido en las coanas de la nariz no solo creemos honestamente que no paran la entrada del virus, sino que seguramente la favorecen,porque dicha proteasa de serina TMPRSS2A esta fundamentalmente en la membrana de la celula epitelial humana ( la catepsina L, no, es endosomial). Honestamemte, hemos hecho la correspondiente consulta a los Servicios de la Agencia Española de Medicamentos y productos Sanitarios y nos gustaria saber la verdadera eficacia de ste productos que, todo hay que decirlo, tiene una licencia LEGAL en España en estos momentos.

Las vacunas y el gato de Schrödinger.

Este señor Erwin Schöredinger, era un mecánico ( cuántico, no de mono azul y manos impregnadas de grasa) que formuló una atrevida teoría del llamado " Verschränkung" ( entrecruzamiento) . El lllamado " gato de Schrödinger" es un juego mental, una paradoja, una metáfora cuántica, que a veces se describe como teorema, como una paradoja, Ustedes eligen. Lo ideó un sabio distraido que vivia en Zürich,en la Hüttenstrasse, número 9. En alemán, Hütten= cabaña, literalmente calle de la cabaña. Un cabañal, como el barrio del mismo nombre en Valencia. Allí se puede ver un interesante experimento. Hay un gato que se mueve aleatoriamente y nunca está en el mismo sitio. Bueno, si te esperas un poco si, lo visualizas porque es un artilugio mecánico. Pero nos da una idea de lo bien que cuidan a sus pensadores cuánticos en Zürich, ciudad donde coincidieron Einstein y el citado Erwin Schrödinger. Einstein era en esos momentos ya algo famoso, pero sus inicios habían sido muy humildes trabajando en la Oficina de Patentes. Pero eso es otra historia.

A esta teoría se la vió como vio como el problema de la interpretación de Copenhague de la mecánica cuántica. El escenario presenta un gato que va a estar en un estado conocido como superposición cuántica, como resultado de estar vinculado a un evento subatómico aleatorio que puede ocurrir o no. Con las vacunas pasa igual: el Gobierno del ínclito Doctor Fraude dice que están. La verdad es que NO están. Y nosotros, los ciudadanos, nos movemos en ese dilema etéreo. En esas arenas movedizas entre el ser o no ser. Pero, mientras tanto, vamos palmando a un ritmo de 500 muertos al dia, mientras Camarada Moño se dedica a ver series de netflix en su chalét. Suponemos que las vacunas están en un "estado intermedio". " Ande andarán", como decía José Mota. Situación que sería jocosa si no fuera porque llevamos mas de 80.000 muertos. ¿ Las vacunas? Ni están ni se las espera, como decían en 1981 del General Armada y el 23 F. Mientras tanto, en debatimos si están las vacunas o no, muere la peña. Hace tres dias 767 muertos, antesde ayer 680, ayer 503, hoy 530, mañana, Dios y el coronavirus dirá. Esta es la situación actual de una manifiesta impericia, una mala gestión y unos dirigentes políticos que ahora demuestran lo ue sospechábamos. QUE NO SABEN GESTIONAR, QUE NO SABEN GOBERNAR Y QUE LES IMPORTANMOS UNA M. LOS CIUDADANOS. Que son mera fachada, cuatro eslógans y poco mas. Para ellos somos "material fungible". Les da igual que vivaos o muramos. Personalmente pienso que a Camarada Moño Morado le alegra que muera gente de mas de 75 años, porque esos no les votan a él y a su partido politico. Son una rémora y se ahorra una pasta en pensiones, que usará el dinero para otros aviesos fines. Pero volvamos al Gato.Es mas edificante. Una de las peculiaridades de la Mecánica Cuántica que no se da en la física clásica ni en nuestra experiencia cotidiana es la existencia de superposiciones lineales. Voy a empezar por el ejemplo más sencillo. El spin es un momento angular intrínseco. Una serie de partículas (electrón, protón, neutrón, algunos átomos, …) tienen un spin 1/2. Si se mide una componente de ese vector en cualquier dirección, se encuentra siempre un valor +1/2 ó -1/2; nunca otros valores. El spin está cuantificado (discretizado). Si se superpone un estado con componente en la dirección z igual a +1/2 con otro con componente -1/2, no se obtienen un estado con componente z igual a cero, sino algo totalmente distinto, por ejemplo, con componente +1/2 en la dirección x. Esto está comprobado totalmente de forma experimental. Pero si eso pasara con objetos macroscópicos, sería muy raro. Para enfatizar su rareza Schrödinger propuso su experimento del gato de Schrödinger. En un caja cerrada se encierra un gato, una fuente radiactiva y un frasco con un gas venenoso. La fuente emite partículas aleatoriamente y si un detector capta una, se rompe el frasco del veneno y el gato muere. Puede calcularse la cosa por ejemplo para que la probabilidad de que eso ocurra al cabo de una hora sea del 50%. Imagina que ese experimento se hace con 100 dispositivos iguales. Al abrir las cajas al cabo de una hora, aproximadamente la mitad de los gatos estarán vivos y la otra mitad muertos. Pero hasta que se abren las cajas, ninguno de los gatos está ni vivo ni muerto, sino en un estado superposición lineal de ambos, y es el proceso de medir su estado el que colapsa la superposición o bien a gato vivo o bien a gato muerto. El mirar mata al gato. Ni Schrödinger sin nadie razonable podía admitir eso. Pero lo que ocurre en realidad es que es imposible mantener la coherencia de un sistema tan complicado como un gato, el dispositivo, la caja, … e inmediatamente las superposiciones lineales se transforman en mezclas, en las cuales en cada caja individual había un gato vivo o un gato muerto, como clásicamente. La muerte de cada gato se produce cuando re rompe el frasco del veneno, como podría registrarse en una grabación, y no cuando se abre la caja. Pero aunque el gato de Schrödinger es imposible, hay dispositivos macroscópicos que presentan ese comportamiento y que ha sido observado. Se trata de los llamados SQUIDS (Superconducting Quantum Interference Devices). Es una especie de donuts de material superconductor, con una unión de Josephson y que tiene la extraordinaria propiedad de que solo permite que los atraviesen campos magnéticos de ciertos valores (otro ejemplo de cuantificación o discretización de una propiedad física). Si se somete un SQUID a un campo magnético que no tienen uno de los valores permitidos, se generan corrientes eléctricas (recuerda que es un superconductor) tales que el campo magnético total, suma del externo mas el inducido por la corriente, alcance uno de los valores permitidos. ¿Pero cuál? ¿El inmediatamente superior o el inferior? La respuesta es: LOS DOS A LA VEZ: se produce una corriente cuyo campo magnético se suma al exterior para llegar al valor superior permitido y otra corriente que produce un campo que se resta al externo hasta llevarlo al valor permitido inferior. El SQUID queda pues atravesado por un campo magnético superposición lineal de dos valores distintos (no tiene ni un valor ni el otro, sino que es una superposición de ambos, que no es una suma ni un promedio) y recorrido por una superposición lineal de corrientes eléctricas en sentidos opuestos. Advierte que no es una SUMA de intensidades de corriente opuestas (que se cancelarían) sino una superposición lineal, que no es ni corriente en un sentido ni en el otro (como el gato que no estaba ni vivo ni muerto). Esos estados tienen propiedades bien definidas que han sido confirmadas. Por supuesto, si se mide con un amperímetro la corriente eléctrica se encuentra siempre o bien en un sentido o bien en el otro (como el gato que al abrir la caja estaba o vivo o muerto) pero si no se mide la corriente no está en ninguno de los dos sentidos. El experimento se ha realizado. Squid en inglés significa “calamar”, por lo que puede afirmarse que aunque los gatos de Schrödinger son imposibles, los calamares de Schrödinger han sido ya observados El experimento mental también se presenta a menudo en discusiones teóricas sobre las interpretaciones de la mecánica cuántica, particularmente en situaciones que involucran el problema de la medición. Schrödinger acuñó el término Verschränkung (entrelazamiento cuántico) durante el desarrollo del experimento mental. Schrödinger pretendía que su experimento mental fuera una discusión de la paradoja EPR, llamada así por sus autores Einstein, Podolsky y Rosen en 1935. La paradoja EPR destacó la naturaleza contraintuitiva de las superposiciones cuánticas, en las que un sistema cuántico como un átomo o el fotón puede existir como una combinación de múltiples estados correspondientes a diferentes resultados posibles. La teoría predominante, llamada interpretación de Copenhague dice que un sistema cuántico permanece en superposición hasta que interactúa con el mundo externo o es observado por él. Cuando esto sucede, la superposición colapsa en uno u otro de los posibles estados definidos. El experimento EPR muestra que un sistema con múltiples partículas separadas por grandes distancias puede estar en tal superposición. Schrödinger describió cómo poder crear una superposición en un sistema a gran escala haciéndolo dependiente de una partícula cuántica que estaba en una superposición. Propuso una caja con un gato , en el que la vida o la muerte del minino dependía del estado de un átomo radiactivo, si se había descompuesto y emitido radiación o no. Si el material radioactivo emitía , se liberaba el cloro en estado de gas ( ú otro gas venenoso) y el gato moría. Según Schrödinger, la interpretación de Copenhague implica que el gato permanece vivo y muerto hasta que se observa el estado. Schrödinger no deseaba promover la idea de gatos muertos y vivos como una posibilidad seria; por el contrario, pretendía que el ejemplo ilustrara el absurdo de la visión existente de la mecánica cuántica. Sin embargo, desde la época de Schrödinger, los físicos han propuesto otras interpretaciones de la mecánica cuántica, algunos de los cuales consideran que la superposición del gato "vivo y muerto" es bastante real. Intentado como una crítica de la interpretación de Copenhague (la ortodoxia de la QM predominante en la época de Erwin y Albert). En esta interpretación, cada evento es un punto de ramificación. El gato está vivo y muerto, sin importar si la caja está abierta, pero los gatos "vivos" y "muertos" están en diferentes ramas del universo que son igualmente reales pero que no pueden interactuar entre sí. Siguiendo la interpretación de Copenhague, en el momento en que abramos la caja, la sola acción de observar modifica el estado del sistema tal que ahora observamos un gato vivo o un gato muerto. Este colapso de la función de onda es irreversible e inevitable en un proceso de medida, y depende de la propiedad observada. Es una aproximación pragmática al problema, que considera el colapso como una realidad física sin justificarlo completamente. El Postulado IV de la mecánica cuántica expresa matemáticamente cómo evoluciona el estado cuántico tras un proceso irreversible de medida. En la interpretación de los «muchos mundos» («many-worlds»), formulada por Hugh Everett en 1957, el proceso de medida supone una ramificación en la evolución temporal de la función de onda. El gato está vivo y muerto a la vez pero en ramas diferentes del universo: ambas son reales, pero incapaces de interactuar entre sí debido a la decoherencia cuántica. Distintos observadores, por tanto, describirán el mismo sistema mediante distintas funciones de onda. Antes de abrir la caja, el gato tiene información sobre el estado del dispositivo, pero el experimentador no tiene esa información sobre lo que ha ocurrido en la caja. Bueno, pues siguiendo con la analogía, el Gobierno de DR Fraude y Moño Salvaje dicen que la situación es de traca y la vacunacion es excelente en España. La realidad es que en Israel se ha vacunado al 70 % de la población. En Inglaterra a 1 de cada 5 ciudadanos y en USA a 47 millones de personas. Y en USA s evacua a un ritmo trepidante de 1,4 millones de personas, AL DIA: Así, para el gato, la función de onda del aparato ya ha colapsado, mientras que para el experimentador el contenido de la caja está aún en un estado de superposición. Noostros igual: estamos en un estado de "superposición", dependiendo de cuando se abriquen las vacunas. Se habla que dentro de UN MES tendremos las de Jansen. Lo cual supone que habrá que esperar a que mueran unos 10.000 españoles y españolas, perfectamente intef¡grados en un lenguaje no sexista: palmarán igaul señores que señoras, hombres y hombras, jilipollos y jilipollas. Recirdad esto cuando, cuando haya elecciones ( si es que vueve a haber elecciones libes en España), que volvamos a votar a opciones de exrema izquierda y similares. Solamente cuando la caja se abre, y ambos observadores tienen la misma información sobre lo que ha pasado, las dos descripciones del sistema colapsan en el mismo resultado: Somos jazó, o bastante ingenuos por votar lo votado.

Los cleavages. Modulacion de la entrada del Virus SARS CoV2 en la célula humana. EL PUNTO CLAVE. ( SCHWERPUNKTE).

Aproximaciones farmacológicas al tratamiento del SARS-Cov2. En la superficie del virus hay 28 proteínas, la más conocida y estudiada, los 1273 aminoácidos de la Spike protein. Hay entre 15 y 45 espículas en la superficie del virus. InClinadas formando un ángulo de 40 grados. El virus es monocatenario RNA, strand (+), de 100-120 nm.

La subunidad S1 se encarga del anclaje al receptor humano ACE/2 y la S2, se encarga de la fusión. Hay dos procesos claves, dos "cleavages". a) Cleavage de la subunidd S1/ S2, realizado por proteínas de corte de furina. Si, las mismas que la disidente china dice que son la clave para demostrar ,o que los Journals de Ciencia le han negado, que es una entelequia de laboratorio ( no está aceptado por la comunidad científica. Este cleavaje no es imprescindible para la infecciosidad del virus, pero b) Cleavage S2 prime ( la proteína TMPRSS", su inhibidor posible fármaco es el Mesilato de Camustat). Este paso lo hacen todos los coronavirus. Esa proteína de fusión tienen nombre. Se puede producir esos cambios conformacionales, pero el paso final ES NECESARIO EL SEGUNDO CLEAVAJE. Libera el peptido de fusión. Algunos alfa coronavirus no tienen éste sitio de acción de la proteasa, pero si los beta coronavirus. Es en éste proceso donde aparece la llamada proteína de Fusión. No confundir proteina de PRE fusión ( 6VSB) con la proteína POST Fusión ( 6LXT) . UN mecanismo bastante similar al del Virus Respiratorio sincitial ( llamada proteína F). Farmacológicamente sería interesante un ensayo clínico asociando un fármaco inhibidor de la TMPRSS2 ( Mesilato de Camustat), con fármacos capaces de aumentar el pH endoplásmico,( si, la famosa Hidroxicloroquina). Sabemos que un aumento del pH endoplásmico por encima de 8,4 inhibe el metabolismo del virus. Quizás poco específico, pero lo inhibe. Después del escándalo Surgisphere y las implicacones politicas, difícil que vuelvan a hacerse ensayos clínicos sobre HCQ.

La llave: proteasas de corte de furina. ¿Diseñando antivirales de "amplio espectro"?

En la figura pueden ver que hay unas proteinas de corte de furinas, señaladas con la flecha. En la infección y posterior desarrollo de la enfermedad hay dos cleavage. 1 Producido por dichas Proteasas dependientes de furina. Que escinden la subunidad S1 de la S2. El virus, en una economía de sfuerzo encomiable, usa ésta proteína, que es humana, en su `roopio beneficio. Uno dependiente de furinas, que además es de nuestro organismo, por lo que enzima el virus usa nuestro sistema enzimático para anclarse (S1) y luego fusionarse (S2) y 2) Una proteína de fusión. Hay un cambio conformacional y pasamos de una proteína pre fusión llamada PDB-6VSB a otra proteína de post fusión llamada PDB:6LXT. Si queremos diseñar fármacos «in silicio», usando potejtes supercomputadores , quizás demos posibles antivirales como el Mesilato de Camustat que inhibe a, parecer a la TMPRSS2.

¿Cuándo se produce el «cleavage»? ¿En la superficie de la célula o en el endoplasma? ¿Ese proceso de cambio conformacional va regido por el PH? Un ph muy básico (conseguido por ejemplo tomando HCQ i¿Inhibe el proceso ? Si partimos dela base que el clevage de S1 y S2 es por la proteína de corte de furinas= tenemos algún antiviral a la vista usando supercomputación en programas in silicio.? «in silicio» #drug #hunter Si la proteína S es un trímero, es que sólo puede unirse al receptor o ligando si está en la posición «up»?

¿puede haber un cambio conformacional de S1 a S2 sin cleavage»? La vacuna china Curovac ha dado unos resultados muy pobres, sobre un 50 por ciento sólo de aumento en producción de anticuerpos. Es una vacuna china inactivada con Beta propiolactona inactiva al virus por hacer un *»stripp off» en la subunidad S1. ¿Quizás por eso apenas si genera respùesta inmunógénica.? https://drlopezcorbalan2.blogspot.com/

La Proteína E de la superficie del SARS-CoV 2, como diana de nuevos fármacos anti virales.

Para Amelia.

Sobre la superficies del virus hay 28 proteínas, una muy poco conocida es la proteína E ( de envoltura). Escuantitativamente poco importante y todavía conocemos poco de ella. Ya hemps indicado que la mayoría de los esfuerzos para luchar contra esta `pandemia van encaminadps hacia ala proeteina S. puesto que es con la q ue se produce el anclaje del virus al receptor predominante , el ACE 2 humana ( pero tambien hay otros receptores, los de la neuropilina, que serían resondables de las coagulopatías que produce el virus. La proteína S del virus podría ser la tumba de muchas vacunas, me temo, porque el virus obedece un axioma que comparten todos los virus RNA: muta. Esta necesidad de adaptación debido a sus errores en el la enzima RNA polimerasa hace que que aarezcan mutacuones. Algunas ya bastante conocidas y otras que aun no sabemos el alcance que van a tener. Habrá que esperar- El concepto "cepa" ( "strain") va unido a cambios en la funcionalidad, Mejor hablar de variantes, , producidas por errores en el procesos de polimerizacion. Filogeneticamente, los virus RNA existían antes que la especie humana-. No es un virus que mute mucho, si o comparamos con lso ortomixovirus pero muta y prueba de ello es la nueva variante, llamada B 1.1.7 , VOC ( variable of concern) o VUI ( " variable under investigation").Tienen una proof reading deficiente y por lo tanto cambia o muta dos posiciones al mes, aproximadamente. En España las secuenciaciones las hacen varis laboratorios, un de ellos es el FISABIO , de Valencia. A lo mejor sería más interesante " tenr un plan B2", por si fallan las va cunas MRNA, cuyto target es la Spike proteína. Les propongo dos, sólo de forma heurística: Amilorida y Amilorida hexametilamina. Ocupan zonas hidrofóbicas en aminoácidos fuertemente hidrofóbicos como la fenil alanina o valina y actuarían como ionóforos, interrumiendo o dificultando el transporte de cationes al inerior del virus. Esta proteína viral E (pdb id 5x29) está en la superficie del virus y es bastante enigmática , ya estaba en el SARS CoV1 de 2003. No tenemos su estructura, tan sólo su secuenciación, y con tecnicas de VR Modeling & Docking podemos ver como algunos fármacos podrían blo uear el paso de iones. Es tecnologia utiliza realidad virtual (VR) y el llamado SWISS MODEL. Las licencias de realidad virtual las lleva Nanome Inc, con científicos españoles como Daniel Grufat. Con esta tecnología pueden calcular distancias interatómicas, fuerza de los puentes de hidrógeno ) cuanto más fuertes sean los puentes de hidrógeno más estables serán las unjones del fármaco al receptor enclavado en ésos huecos o recovecos hidrófobos. Otro concepto que conviene desarrollar es como de fuertes son la uniones de puentes di sulfuro entre entre la proteina E y la proteína S. Ya que se ha postulado que están relaccinados con la infectividad del virus. Todo esto nos valdría para diseñar nuevos y mejores fármacos antivirles.y diseñar nuevod fármacos que se unan a esos "pockets" o resíduos hidrofóbicos en la estructura de la proteína. Se ha comprobado que cuanto más fuerte es la unión al receptor, más eficaz será el fármaco. Korolkovas: Química Farmacéutica.

No la llamen CEPA, es una VARIANTE.

Figura 1:Las nueve mutaciones DE LA MAL LLAMADA "CEPA" están en rojo.

 La famosa " cepa  británica", en realidad una VARIANTE.

Hace dos meses apareció una  variante que se denominó D614G, supuestamente mas infetica del virus pandémico . En realidad el hype media que ha aparecido  estuvo completamente injustificado, pues no se ha confirmado que esa varianate fuese mas letal.

Malo cuando son los medios de comunicación quienes dan las noticias científicas y  la pandemia la combaten con criterios  políticos en vez de criterios científicos.

Esta vez el famoso locutor vendemotos de Manesia 3, Matías Cañete, apaga  la tele y vete, dió la noticia de "esa cepa británica tan peligrosa". FALSO.

 En realidad , no es una cepa , sino una  VARIANTE.  llamada de forma provisional como VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01).

PROSOJI: El concepto "cepa" implica cambios en la funcionalidad del virus. 

En la  VUI202012/01  hay   nueve mutaciones en la espícula, entre las que destacan N501Y en el RBD  ó  dominio de unión al receptor, y P681H justo al lado del sitio de escisión por la furina.

Las "furin cleavage site" están  fuertemente relaccionadas con la respuesta inmune innata.

Furins are ancestrally involved in the innate immune response. For instance, a preprint on a furin-cleaved polypeptide of fruit flies that encodes antifungals produced upon infection: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394148v2 Furin cleavage is best known to act at RXRR or RXKR polybasic sites. The Sars-CoV2 site is RRAR, whereas MERS-CoV has RXVR if I recall correctly... so there are certainly alternate motifs that are likely cleaved, but these are less understood. Good review by Braun and Sauter (2019) on the whole furin-like family of humans and their cleavage: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6682551/ Furins act probably at the cell membrane or perhaps during trafficking to the cell membrane, and also perhaps at the golgi. Actually kind of unclear, and maybe all three are true. There are a number of cell entry dynamics driven by furin enzymes, including Sars2, HPV, and even anthrax toxin (ref below) gets cleaved by furin upon cell entry. I think we're at the point to know "yes, this is important." But I don't think we're at a point where we can look at a furin site (and surrounding residues) and predict much. I know it was mentioned on TWIV way back that the Proline residue ahead of the furin site is known to interfere with enzyme cleavage efficiency; I think it sticks out in a way that gets in the way of the enzyme a bit. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6347675/

Otras mutaciones que presenta son A570D, D614G, P681H, T716I, S982A y las deleciones H69–V70 e Y144. 

La histeria de los medios diciendo que " puede ser que las vacunas se vean afectadas" no está justificada.Personalmente creo que  no van a tener  efectos significativos. 

La variante británica VUI 202012/01 (también llamada B.1.1.7) presenta 29 sustituciones de nucleótidos y 14 sustituciones de aminoácidos en la proteína espicular respecto al genoma de referencia del SARS-CoV-2 (el secuanciado el 10 de Enero del 2020) .

 La espícula de este coronavirus está mutando a un ritmo de dos mutaciones al mes; así, se espera que las nuevas variantes presenten unas 22 sustituciones de nucleótidos en lugar de 29; no se sabe por qué la nueva variante VUI 202012/01 presenta más mutaciones de las esperadas . La  deleción H69–V70 ya se observó en granjas de mustélidos en Dinamarca  ; en visones también se identificó la mutación N501T (pero no la N501Y).

La mutación N501Y se detectó en  Sudáfrica, y también presenta la mutación D614G, pero que no tiene nada que ver con la variante británica (el resto de sus mutaciones son diferentes, de hecho pertenece al clado 20C ).

Todos los genomas del SARS-CoV2 se actualizan en nextstrain.com.

FUENTES:https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.101642

     Ignacio López-Goñi, «La nueva variante “inglesa” de SARS-CoV-2», MicroBIOblog, 21 dic 2020. 

    Jacqui Wise, «Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK,» the BMJ 371: m4857 (16 Dec 2020), doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m4857. 

Steven Kemp, William Harvey, …, Ravindra K Gupta, «Recurrent emergence and transmission of a SARS-CoV-2 Spike deletion ΔH69/V70,» bioRxiv preprint 422555 (21 Dec 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.14.422555

      Kui K Chan, Timothy JC Tan, …, Erik Procko, «An engineered decoy receptor for SARS-CoV-2 broadly binds protein S sequence variants,» bioRxiv preprint 344622 (21 Dec 2020),

doi: https://doi.org/10.1101/2020.10.18.344622.

y MUY ESPECIALMENTE  AQUÍ: