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jueves, 22 de octubre de 2020
Inhibidores de AKG en el tratamiento de la COVID19.
Discovery of Ketone-Based Covalent Inhibitors of Coronavirus 3CL Proteases for the Potential Therapeutic Treatment of COVID-19
- Robert L. Hoffman* ,
- Robert S. Kania ,
- Mary A. Brothers e
La mutación D614G en el SARS-CoV-2.
Mutaciones hay muchas, en cada huésped se producen miles; lo que cuentan son las cepas, aquellas mutaciones que se propagan con igual o mayor éxito que la precedente.
Curioso que en el análisis genómico de 513 virus de la COVID 19 en 33 países, en los cinco continentes , pues que apenas haya habido mutaciones, pese a ser un virus RNA monocatenario que son los que tienen un proof reading bastante propenso a cometer errores y son los virus que mas mutan.
Básicamente un virus RNA está utando
continuamente “para sobrevivir”. Es su estigma y su marca de vida:
obligado a mutar. Su frecuencia de errores es de 10 elevado a 4, muy alejada de los virus DNA que mutan muchísimo menos, con una frecuencia de 10 a 7.
Pues éste SARS-CoV-2 no ha mutado casi nada, sólo 111 mutaciones de
aminoácidos no sinónimas (recuerden que el código genético es redundante
y las mutaciones ocurren en los nucleótidos, luego hay muchas más
mutaciones de nucleótidos). Ninguna de estas mutaciones de aminoácidos
tiene relevancia clínica . ¿Ninguna? Lo digo con respeto y seré muy cauto. En otras palabras: EL VIRUS SIGUE CON LA
MISMA VIRULENCIA en casi todo el planeta. Eso huele muy mal, porque si
es una mutacion, pues o aumenta, o disminutye, pero cambia
exponecialmente segun se divide. Si no muta, a lo mejor es que está muy
bien “diseñado”. O no. En realifad todo esto es unamera hipótesis mia, sin ningúna base clínica.
Podríamos divagar acerca de lo sencillo que es insertar la spike protein de un pangolín en un RNA de murciélago. Pero esta bitácora en principio está contra las teorias conspiranoicas. Nein Verschwörungtheorie").
Exploramos en el video en VR la mutación ( ojo, no cepa, hablar de cepas significaría hablar de CAMBIOS EN LA FUNCIONALIDAD del virus).
Es la llamada D614G mutation en la espiga del SARS-CoV-2 , ese cambio de ácido aspartico por gicina, esa simple mutación al parecer favorecería la transmisibilidad del citado virus.
Fuente: 👇
“Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2” - (Pre-print) Korber et al (2020).
Podríamos elaborar atrevidas hipótesis acerca de que el 96 % del virus de la científica ( bat woman ó Shu Li) , genoma secuenciado en 2013 , que curioso, en el mismo Instituto de Virología de Wuhan.
Podríamos hablar de que nunca se ha presentado al “paciente cero” ( a lo mejor, por que no lo hay).
Curioso que en el análisis genómico de 513 virus en 33 países, en los cinco continentes , pues reseñar que apenas haya habido mutaciones, pese a ser un virus RNA monocatenario que son los que tienen un proof reading deficiente y son de los que mas mutan. Básicamente un virus RNA está condenado a estar CONTINUAMENTE mutando continuamente “para sobrevivir”. .
Pues éste no ha mutado casi nada, sólo 111 mutaciones de aminoácidos no sinónimas (recuerden que el código genético es redundante y las mutaciones ocurren en los nucleótidos, luego hay muchas más mutaciones de nucleótidos). Ninguna de estas mutaciones de aminoácidos tiene relevancia clínica . En otras palabras: EL VIRUS SIGUE CON LA MISMA VIRULENCIA en casi todo el planeta. Aunque se haya descrito una mutación 614 en la cual se sustituye Eso huele muy mal, porque si es una mutacion, pues o aumenta, o disminutye, pero cambia exponecialmente segun se divide. Si no muta, a lo ejor es que está muy bien “diseñado”.
Ojo con cometer el error de hablar de "cepas". Crpa implica cambio de FUNCIONALIDAD.
En la fig. 1 se ven las partículas virales infectando una célula epitelial de pulmon.
Sin embargo, ambas cepas solo se diferenciarían en dos SNPs (acrónimo ingles de polimorfismos de un solo nucleótido). En concreto, un SNP sinónimo en la posición 8782 del ARN, en el gen orf1ab, el cambio de una timina por una citosina en la posición 8517 de dicho gen (T8517C), que cambia el codón AGT de una serina por AGC también de una serina; y otro SNP no sinónimo en la posición 28144 del ARN, en el gen ORF8, el cambio de una citosina por una timina en la posición 251 de dicho gen (C251T), que cambia el codón de una serina por el de una leucina en la posición 84 (S84L).
Paramos de liar el tema. Jergafasia complicada y molesta.
La teoría evolutiva, o sea, que todo esto es sólo una mutación, un honrado paciente cero que se comió una sopa de murciélago, predice que el coronavirus SARS-CoV-2 está sometido a mutaciones continuas que producen una deriva genética que acabará conduciendo a su separación en diferentes cepas en el futuro. Lo habitual es que las cepas que mejor se adapten al hombre (es decir, las que tengan una letalidad reducida y produzcan síntomas más leves) sean las que se acaben propagando con mayor facilidad. A la COVID19 le «interesa» sobrevivir el máximo tiempo posible entre los humanos y que no le pase lo que pasó con el SARS-CoV (cuya epidemia fue de sólo seis meses y se cortó tan misteriosamente como había venido y desapareció de la circulación entre los humanos y camellos. Erá más letal, un diez-quince por ciento de mortalidad, y mataba más rápido, pero se extinguió antes.
Podríamos si, hablar de la teoría de la conspiración, tema recurrente y fácil de incendiar las redes.. ¿Para que? ¿para que me expedienten? ¿para meterme en líos? ¿sin ninguna prueba? ¿ Acaso no tenemos un CNI mejor informado que nosotros? Hoy por hoy las teorìas son, eso, teorías.
El que quiera buscar, que busque, porque dentro de unos meses/ años, a lo mejor se sabrá la verdad. Mutación inter especies versus arma biológica.
España ya está en los mapas de Nextstrain de los movimientos del coronavirus, y no —desde luego— porque el virus estuviera antes aquí, sino porque aún no había ninguna secuencia de pacientes españoles. Las primeras las ha incorporado el grupo de Fernando González, del Servicio de Secuenciación y Bioinformática y el grupo de investigación en Epidemiología Molecular de FISABIO, en Valencia.
En el siguiente video pueden ver en realidad virual como aparece la mutación descrita en Febrero en la cual cambia un sutil puente de hidrógeno ( la estructura que está en puntos suspensivos) al sustituirse un aminoácido de la estructura del RBD del virus. Cambia la conformación alostérica y esto hace que el dominio RBD sufra un cambio que, al parecer, aumenta la infectividad ( transmisibilidad) del virus.
Arriba tienen la mutacion D614 , que al parecer hcer que haya una trasmisibilidad mayor por parte de la COVID19, cosa que no está aceptada por todos los virólogos, ni mucho menos. Hay otra mutación en la valina 387, pero no está ni mucho menos claro que sea relevante. Ver foto abajo.
Personalmente escribí a Alan Dove, y éste Ph.D. en Virología me confiño que la mutación NO era nada relevante, para él.
A día de hoy no está clínicamente comprobado la mayor infectabilidad por dicha mutación.
Unos receptores extraños ; los "furin cleavage sites", del virus que produce la COVID 19. Algo que "chirría" en ésta extraña enfermedad.
Antes de seguir leyendo:si quiere usted seguir una exitosa carrera como investigador y tiene pensado pedir financiación pública, no siga leyendo.
Este artículo es para los que les gustan las batallas perdidas.
En la actualidad el virus ha infectado a más de 50.000.000 de personas y ha matado a un millón y cuarto de seres humanos.
Pero...pero ,según la OMS, en China sólo han muerto 4000 personas. ¿ Ustedes lo entienden? Yo no.
China , o mejor dicho, el PCC ( Partido Comunista Chino) ha mentido desde el minuto 1. El virus, según " the Five eyes" ( los servicios secretos de EEUU, Nueva Zelanda, Australia, Reino Unido y Canada), estaba rondando ya entre el 5 y 12 de Octube en Wuhan. No vy a seguir por ahí. China , osea el PCC, amenazó a los " Five eyes" con inicia una guerra comercial si se seguñia investigando. Lo dejo ahí.
Léanse el Informe de la disidente Li Yend. Está en el portal zenodo. El que busca encuentra. Yo no pondré el link, porque me banearçan la cuenta. Yo no digo que el informe sea verdad, simplemente defiendo el derecho a leer lo que yp quiera. Ya sacaré yo las conclusiones ue me parezcan oportunas. Eso es la LIBERTAD.
En dicho informe la disidente bçasicamente dice:
1) El virus dice que fue creado a partir de dos de los coronavirus ordinarios del resfriado comñun. el ZC45 y el ZXC21.
2) El virus SARs CoV 2 tiene una peculiar enzima: las furin cleavages sites para la serina.
3) Que le virus fue creado usando edición de "corta pega", similares a los de la tecnología CRISPR Cas 9.
A mí el tema me supera y pèse a haber leído el informe, no puedo dar una opinión eficiente y serena sobre dicho tema.
Me centraré en loq ue me sorprende. Lo que me "chirría".
La existencia de "furin cleavages sites" para la serina lo ,que ha motivado inusuales discusiones de todo calibre, al pretender establecerlos como "the smoking gun" o prueba irrefutable de ser "una prueba irrefutable" de la existencia de un vector intermedio, para algunos el pangolin ( Manus javanicus) , para otros los "ferrets" ( hurones): Para otros son los ofidios, para otros apóstoles de la zoonosis el virus existiría ya -indetectado- desde 1969 en minks ( armiños). Naturalmente no dan una sola prueba de ello. La realidad es que a dia de hoy no se ha determinado que tipo de vector es el que estaría involucrado en el paso interespecies desde el murciélago de herradura a la especie humana.
Curioso igualmente que tampoco se haya encontrado al " paciente cero". A lo mejor porque no existe.
Este virus tiene una secuencia PRRA, justo antes de la R por donde se produce el cleavage usual en otros coronavirus, que le faculta para disponer de un amplio espectro de células en las que entrar una vez la secuencia es reconocida por la ubicua protesasa furina.
martes, 20 de octubre de 2020
"Segando la espiga".
El enemigo ya está identificado, mide 120 nm y tiene 30.000 pares de bases, y tiene como característica especial esas espículas ( espigas) que están formadas por 1274 aminoácidos.
La fotografia de arriba es la union de la spike protein del SARS-CoV2 con el receptor de la ACE humana/2 ( Angiotensin Converting Enzym 2).
Nos vamos a encontrar dichos receptores en diversos órganos: pulmon ( por eso produce la COVID neumonias bilaterales), corazón ( por eso produce miocarditis), riñon ( por eso produce fallos renales), , tubo digestivo (por eso produce o puede producir diarreas), y receptores sofisticados en las venas y arterias (por eso puede producir embolismos, coagulopatías).
La proteína S, con sus 1274 aminoácidos y esa "cazoleta" de uniñon de unos 50x 60 Astrong , formando esa "sagrada avidad " centrada en el eje del trímero que tiene ~65 Å de profundidad. Samems que los aminoacidos 980-990 quedarían "dentro" de la zona de heptámeros repetidos 1 (HR1) en la parte superior de S2.
Esto es más complicado porque la tñecnica que se utiliza para detrminar estas estructuras con una resolucin de 3 Amstrong no permiten ver bien esa región HR1 por sus estructura helicoidal, pero si que creemos que donde se establece esa unión con el receptor ACE/2 de la especie humana podría ser el nudo gordiano resolutivo para diseñar un fármaco capaz de interferir en el proceso de fijacion o anclaje del virus a los receptores de las células epiteliales del pulmon. Podría ser la solución si alguna de las vacunas basadas en m RNA para generar anticuerpos contra esos 1274 aminoácidos que forman esa spike proteín. Podria...podria...podría...demasiados tiempos condicionales.
El enemigo ya está identificado, mide 120 nm y tiene 30.000 pares de bases, y tiene como característica especial esas esoículas que están formadas por 1274 aminoácidos.
Sabenos que en realidad esa S proteín o proteina espicular es la " marca" mas relevante del virus. Sabemos que es un trímero, que está en una posición "up" y dos posiciones "down".
Sabemos que tiene entre 25 y 40 de esos "quesitos" o espículas en cada uno de sus viriones metaestables.
Y sabemos que están en un ángulo de 40 grados ( ver figura de abajo).
Aquí tenemos a la proteína S en acción. Dentro video:
Se utilizan los modelos "in silicio" para estudiar el diseño de nuevos fármacos. Igualmente la VR nos permite visualizar los mecanismos de accion de algunos de ellos. Por ejemplo el Remdesavir cuando inhibe la polimerasa del SARS-CoV-2.
El sarbecoronavirus
SARS-CoV-2 requiere unirse a esos receptores ACe/2 sitos en las células
epiteliales del pulmón. LO ven expresado en las flechas amarillas.
Sabemos que hay un RBD ( recepto de union al dominio) y más excatamente
dentro de él el llamado RBM, mucho mas pequeño.
En Nature está estudiado el estudio de los cambios conformacionales en la
unión del trímero de proteínas S que forma la espícula a tres receptores
ACE2.
Se observa la aparición de una cavidad
formada por los dominios S1 que expone al medio la parte superior de
los dominios S2, el S1 tiene la función de anclaje y la S2 , la fusion, pero ello sucede tras un "cleavage" o escisión. Y sabemos que intervienen dos estructuras proteicas, 6LXT y 6VSB que las que pueden ver en éste vídeo . UNa previa y otra posterior al proiceso de "cleavage". El fragmento S2 es el encargado d ela FUSION, mientras que el fragmento S1 es el encagado del ANCLAJE del virus.
Sería un proceso complicado que ocurre en el 2 % de los complejos estudiados), la unión de una espícula a tres receptores ACE2 en la membrana celular.O , mejor expresado, a que el virus pudiera tener una " mayor posibilidad" de unirse ya que puede unirse a tres receptores diferentes al ser trímerico. Volveremos luego a ello cuando veamos las afinidades de las diferentes "espígas" de diferentes especies ( en la figura de abajo, la de murciélago de herradura, la de pangolín y las del SARS-CoV-2).
y lo endiabladamente complicado es que
este virus tenga una estructura genomica que es prácticamente ( 96,1 %) casi idéntica al genoma del murciélago de herradura y luego "pegadas" una maldita proteina S que se parece enormemente a la del pangolin ( Manus javánica). ¿Insertada artificialmente o fruto de una mutacion? "Ahí lo dejo", como diría el psicópata de Tetuán.
En el proceso de "cleavage" aparece una proteína TMPRS2 que, al parecer es inhibida por el Mesilato de Camustat.
Pero esta supuesta acción es sólo "in vitro" y no se ha confirmado su utilidad en modelos experimentales.
Rebobiando todo lo anterior, y volvemos a lo de siempre. A día de hoy no hay una "bala mágica" para detener la infección del virus. Y ahora llegamos al aspecto realmente complicado de cómo se une el virus al receptor. La unión más
probable es la de la espícula a un solo receptor ACE2, los resultados
apuntan a que la unión a dos receptores (solo algo menos probable) y la
unión a tres receptores (muy poco probable)
que según algunos ,facilitaría la infección. Lo cual no está ni mucho menos probado, dirñiamos mas bien que favorece el ANCLAJE del virus y realmente a dia de hoy no se conoce exactamente la cantidad de carga necesaria para infectar. El grupo de Columbia University ( V. Rancaniello) habla de 250 unidades infecciosas, pero eso no deja de ser una mera hipótesis, sin ninguna confirmación clínica.
De Francis Villatoro tomamos la cita:
"La comparación entre el trímero abierto y el complejo con una ACE2 unida al trímero muestra que la unión rota el RBD de la S1 abierta alejando su centro de masas ~5.5 Å respecto al eje del trímero y al mismo tiempo aleja los tres NTD de las S2 del trímero ~1.5–3.0 Å; la unión a una o dos ACE2 adicionales no introduce cambios significativos en la conformación de la primera unión. Estos cambios de conformación estabilizan la unión de ACE2 en el complejo". / Fuente " La Ciencia de la Mula Francis".
"La comparación entre el trímero abierto y el complejo con una ACE2 unida al trímero muestra que la unión rota el RBD de la S1 abierta alejando su centro de masas ~5.5 Å respecto al eje del trímero y al mismo tiempo aleja los tres NTD de las S2 del trímero ~1.5–3.0 Å; la unión a una o dos ACE2 adicionales no introduce cambios significativos en la conformación de la primera unión. Estos cambios de conformación estabilizan la unión de ACE2 en el complejo". / Fuente " La Ciencia de la Mula Francis".
Analicemos el tema con detalle: ese trímero se uniria en -por asi llamarlo- una especie de cazoleta o cavidad , en la cual hay seis aminoácidos que son esenciales para determinar su unión. Y que de esos 28 aminoácidos ( ¿o deberiamos decir epìtopes antigénicos?) hay una cierta similitud con el SARS de 2003, el primo lejano de éste actual CoV 2 que causa la COVID 19; que mataba al 30 por ciento de sus infectados, pero que debido a ¿una mutación?, ¿ a que daba síntomas desde el primer dia y eso permitiño conocer los casos con mucha raidez,antes de que se contagiasa mas gente?, nuncxa lo sabremos, pero el caso es que la epidemia del año 2003, cuyos reservorios parace ser que eran civetas del desierto y camellos ( dicho sea con todas las prevenciones), el caso es que se paró la epidemia con "sólamente" 700 muertos y desapareció tan misteriosamente como había venido. A lo mejor ha vuelto " mejorada" por el uso de la tecnología CRISPR-Cas9 que permite editar " a la carta" determinadas secuencias genomicas ( quizás esto último es sólo una estúpida hipótesis).
Los resultados apuntan a que la probabilidad de fusión entre
membranas está favorecida por el número de receptores ACE2 unidos a la
proteína espicular. Así la infección sería más probable en células que
expresen un gran número de receptores ACE2 ( mas en hombres que en mujeres, ausencia en niños d emenos de 8 años, donde no hayreceptores ACE/2. Deberemos
ser cautos porque éste supuesto aumento de infecciosidad no está
demostrado que realmente se manifieste de forma clínica. Como dicen David baltimore y Vincet Racaniello, " el desarrollo de la infeccion no
implica necesariamente la manifestacion de la enfermedad".
Cooperacion internacional para diseño de moléculas inhibidoras de la proteasa del SARS-CoV2.
La proteasa del SARS-CoV-2 es una de las diferentes dianas ( targets) para el diseño de nuevas moléculas que puedan servir para encontrar un antiviral que nos permita una solución farmacológica ( el concepto de "bala mágica") de Ehrlich, para detener esta pandemia que, a dia de hoy ha matado a 1.121.000 personas e infectado a mas de 40 millones de personas. Y decimos ésto sabiendo que las estadísticas quedarán completamente fuera de contexto en pocos dias.
Para ello se han iniciado unos muy interesantes priyectos de Crowndfunding que consiste en el screening de nuevas sustancias inhibidoras, como el proyecto Covid Moonshot, que es un ambicioso proyecto en open acces y sin requisitos de registro de propiedad intelectual. En otras palabras, es una deliberada cooperacion internacional en la que cada investigador remite moléculas diseñadas por cada respectivo laboratorio para combatir esta pandemia, luego se procesan dichos fármacos en un suerordenador Folder@ , ( enlace para ver las moléculas candidatas).
Una de las sundivisiones de éste proyecto Moonshot es el DiamondMX/XChem, hay estructuras tipo "beamline" o de exacta interacción de de como las determinadas moléculas se unen a los sitios activos para poder bloquear el ciclo reproductivo del virus.
Se usa el supercomputador Folding@home para calcular el alchemical free energy calculations que ayudaría a los químicos farmacéuticos a elegir adecuadamente la moleculaque mas se adecue e los parámetros químico farmacéuticos.
Otra herramienta es la Open Force Field Initiative y los conceptos de Gavin Crooks en su Tesis Doctoral ( n0 es como la del psicópata del barrio de tetuán) PhD thesis , del año 1999 que se concretan en el prigrama state-of-the-art techniques for structure-based drug design.
Sobre estas moléculas se ha estudiado el grado de inhibición de la M Pro y luego se remiten estos fármacos y profármacos para las pruebas clíni as que se estimen oportunas. Lo novedoso del proyecto es que los fármacos enviados y los datos experimentales pueden ser consultados por cualquier investigador para inspirar nuevas ideas de diseño.
Enlace de las moléculas remitidas al proyecto
domingo, 18 de octubre de 2020
Las vacunas a base de m RNA ( Moderna y Pfizer)
Hay en la actualidad een Fase III dos tipos de vacnunas , una
a) BNT162b1, dirigida hacie al RBD ( receptor–binding domain) a la cual se ha trimerizado mediante la adiccion de un dominio foldon de fibritina, para aumentar su antigenicidad.
BNT162b1 al parecer tambien elicita a las células Th1 , las encargadas de la respuesta celular y ,segun un artículo del New England, tambien fomenta la produccion de céulas CD8 que segregan anticuerpos.
b) La otra candidata es la , BNT162b2, y codifica la famosa ya proteina espiga del SARS-CoV-2 .
La biotecnológia Moderna espera tener resultados fiables para ...octubre del 20222, asi que calma y tranquilidad.
Como dice un refrán japonés: " Suspende todas tus expectaciones de inminencia", tenemos epidemia para muchos meses.
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